| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,788,598 | C→T | G166G (GGC→GGT) | yibQ → | divergent polysaccharide deacetylase domain‑containing protein YibQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,788,598 | 0 | C | T | 97.4% | 246.9 / ‑3.5 | 78 | G166G (GGC→GGT) | yibQ | divergent polysaccharide deacetylase domain‑containing protein YibQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (32/44); total (34/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
ATAACAGCGGGCACGAAGTGTTGATTCATCTCCCGATGGCACCGTTG‑A‑GTAAACAGCCGCTGGAGAAAAATACGCTACGCCCGGAGATGAGCAGCGACGAAATTGAGCGCATTATTCGTAGTGCGGTCAATAACGTGCCCTATGCCGTGGGGATCAACAACCACATGGGCAGCAAGATGACCTCTAACCTGTTTGGTATGCAGAAAGTGATGCAGGCGCTGGAGCGTTACAATCTTTACTTCCTCGACAGCGTAACCATCGGTAATACCCAGGCGATGCGCGCCGC‑G‑CAAGGC‑ACTGGCGTGAAGGTGATCAAACGGAAGGTATTCCTCGACGATTCGCAAAATGAAGCGGACATCCGTGTGCAATTTAATCGCGCAATTGACCTGGCGCGTCGCAACGGTTCGACCATTGCCATTGGGCATCCTCACCCTGCAACGGTACGCGTGTTGCAACAGATGGTTTATAACCTGCCGCCAGACATTACGCTGGTGAAAGCCAGCAGCTTGCTGAATGAACCGCAGGTTGATACTTCTACACCGCCGAAAAACGCTGTGCCTGATGCACCGCGTAATCCGTTCCGTGG > NC_000913/3788306‑3788888 | aTAACAGCGGGCACGAAGTGTTGATTCATCTCCCGATGGCACCACTG‑A‑GTAAACAGCCGCTGGAGAAAAATACGCTGCGCCCGGAGATGAGCAGCGACGAAATTGAGCGCATTATTCGTAGTGCGGTCAATAACGTGCCCTATGCCGTGGGGATCAACAACCACATGGGTAGCAAGATGACCTCTAACCTGTTTGGTATGCAGAAAGTGATGCAGGCACTGGAGCGTTACAATCTTTACTTCCTCGACAGCGTAACCATCGGTAATACCCAGGCGATGCGCGCCGC‑G‑CAAGGT‑ACTGGCg < 2:457006/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |