| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,787,812 | C→T | I325I (ATC→ATT) | envC → | murein hydrolase activator EnvC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,787,812 | 0 | C | T | 98.5% | 234.9 / NA | 68 | I325I (ATC→ATT) | envC | murein hydrolase activator EnvC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (40/27); total (40/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGAATCCCGTCTGCGTAACAGCATTGCCCGTGCGGAAGCCGCGGCGAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGTACCGGTGGTCTGGGCGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAACAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGTATGGTTATCGGTGCTTCTGAAGGTACTGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGGTTGAGCATGGTAAAGGCGACATGAGTCTTTACGGCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTCAATCCACAGCCGTGGTTGGGAAGATAAGTTT > NC_000913/3787533‑3788101 | cGAATCCCGTCTGCGTAACAGCATTGCCCGTGCGGAAGCCGCGGCGAAAGCGCGTGCAGAATGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGAACGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACTGGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCGGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGTACTGa > 2:26707/1‑300 (MQ=255) aaTCCCGTCTGCGTAACAGCATTGCCCGTGCGGAAGCCGCGGCGAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACTGGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGTACTGaa > 2:438810/1‑299 (MQ=255) aTCCCGTCTGCGTAACAGCATTGCCCGTGCGGAAGCCGCGGCGAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACTGGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGTACTGAAGt > 1:527109/1‑300 (MQ=255) aTCCCGTCTGCGTAACAGCATTGCCCGTGCGGAAGCCGCGGCGAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCAACTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCAGAACTGGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGTACTGAAGt > 1:527167/1‑300 (MQ=255) cGTAACAGCATTGCCCGTGCGGAAGCCGCGGCGAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCTACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACTGGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCTAAAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGTACTGAAGTTAAAGCGAtt > 1:3322/1‑300 (MQ=255) cccGTGCGGAAGCCGCGGCGAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAAACGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCAGAACTGGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGTACTGAAGCTAAAGCGATTGCCGACGGt > 2:175153/1‑296 (MQ=255) aGCCGCGGCGAAAGCGCGTGCAGAACGAGAAGCACGTGAGGCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGTGCGAATGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACTGGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCGACAGGGTGAATTACGCTGGAAATGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGTACTGAAGTTAAATCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGc < 1:71951/300‑1 (MQ=255) 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gCCCAGGCGGTTCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACTGGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGTACTGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGGTTGAg < 1:560650/300‑1 (MQ=255) tCGCGACCGCCAGAAATAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAACCGCTGATGTCCCGAACTGGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGTGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAATGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGTACTTAAGTTAAAGCGATTGCCTACGTTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGGTTGAGCATGGTAAAgg < 2:27634/300‑1 (MQ=255) tCGCGACCGCCAGAAAGAAGCGACGCGCAAAGGCACCACCTACAAACCGACCGAAAGCGAAAAATCGCTGATGTCCCGAACTGGTGGCCTGGGTGCGCCGCGTGGTCAGGCATTCTGGCCGGTTCGCGGGCCGACGCTGCATCGCTATGGCGAGCAGCTACAGGGTGAATTACGCTGGAAAGGGATGGTGATTGGTGCCTCTGAAGGTACTGAAGTTAAAGCGATTGCCGACGGTCGGGTGATTCTGGCTGACTGGCTGCAAGGCTACGGTCTGGTGGTGGTGGTTGAGCATGGTAAAgg < 1:89374/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |