| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 34,233 | A→G | intergenic (+195/‑67) | carB → / → caiF | carbamoyl‑phosphate synthetase large subunit/DNA‑binding transcriptional activator CaiF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 34,233 | 0 | A | G | 96.9% | 443.0 / NA | 128 | intergenic (+195/‑67) | carB/caiF | carbamoyl‑phosphate synthetase large subunit/DNA‑binding transcriptional activator CaiF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (64/60); minor base T (0/4); total (64/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
ACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTTT‑GCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGA > NC_000913/33943‑34524 | accCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTTAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTTT‑GCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATGTGGCCTTGt > 1:556882/1‑300 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aTCGATATATCCACAATTTTAATGTGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCATAATAAGCTGGAAGGGCGGGGa > 1:210201/1‑300 (MQ=255) gATATATCCACAATTTTAATGTGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGc > 1:226856/1‑300 (MQ=255) tatatCCACAATTTTAATGTGTCCTTGTTTAATTGCTCCAAAACGCGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAATTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCTCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAACTGGAAGGGCGGGGATGCCa < 2:278409/300‑1 (MQ=255) atCCACAATTTTAATGTGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGAt > 2:7616/1‑293 (MQ=255) aaTTTTAATGTTGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGANCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGNGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCg < 2:538595/300‑1 (MQ=255) aTTTTAATGTGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGa > 1:387233/1‑300 (MQ=255) | ACCCTGAACGGCGGCTTTGCCACCGCGATGGCGCTGAATGCCGATGCGACTGAAAAAGTAATTTCGGTGCAGGAAATGCACGCACAGATCAAATAATAGCGTGTCATGGCAGATATTTTTCATCCGCTAATTTGATCGAATAACTAATACGGTTCTCTGATGAGGACCGTTTTTTTTT‑GCCCATTAAGTAAATCTTTTGGGGAATCGATATTTTTGATGACATAAGCAGGATTTAGCTCACACTTATCGACGGTGAAGTTGCATACTATCGATATATCCACAATTTTAATATGGCCTTGTTTAATTGCTTCAAAACGAGTCATAGCCAGACTTTTAATTTGTGAAACTGGAGTTCGTATGTGTGAAGGATATGTTGAAAAACCACTCTACTTGTTAATCGCCGAATGGATGATGGCTGAAAATCGGTGGGTGATAGCAAGAGAGATCTCTATTCATTTCGATATTGAACACAGCAAGGCGGTTAATACCCTGACTTATATTCTGTCGGAAGTCACAGAAATAAGCTGCGAAGTTAAGATGATCCCTAATAAGCTGGAAGGGCGGGGATGCCAGTGTCAGCGA > NC_000913/33943‑34524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |