| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,240,423 | C→T | G160G (GGC→GGT) | sstT → | serine/threonine:Na(+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,240,423 | 0 | C | T | 98.8% | 290.0 / NA | 86 | G160G (GGC→GGT) | sstT | serine/threonine:Na(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (40/45); total (41/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGATGCTGGTGATGGCATCTATTGCTAACCACCAGCACGGGCAGAAAACCAATATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGCTTCGCACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGGAAAATTCGTCGTAACCCGTTCCCGCTGGTGCTGCTGTGCCTGCGCGAAAGC > NC_000913/3240131‑3240714 | tGATGCTGGTGATGGCATCTATTGCTAACCACCAGCACGGGCAGAAAACCAATATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGACGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCAc < 1:289091/300‑1 (MQ=255) gTGATTGCATCTATTGCTAACCACCAGCACGGGCAGAAAACCAATATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTAGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGTTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGTTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCAc < 2:181015/300‑1 (MQ=255) gATGGCATCTATTGCTAACCACCAGCACGGGCAGAAAACCAATATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACgg < 2:373528/300‑1 (MQ=255) gATGGCATCTATTGCTAACCACCAGCACGGGCAGAAAACCAATATCCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCGCACTGCGTCACgg < 1:604029/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |