| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,127,981 | G→A | P14L (CCC→CTC) | glcD ← | glycolate dehydrogenase, putative FAD‑linked subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,127,981 | 0 | G | A | 99.2% | 389.6 / NA | 122 | P14L (CCC→CTC) | glcD | glycolate dehydrogenase, putative FAD‑linked subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (73/48); minor base C (1/0); total (74/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TCTCTTTAAAGCGCGCCATCACCAACAACACACCTTTTTCCAGCGGCAGCGCGCCACCAGAAAGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCACTTACGTGATGTGCGTGTTTTGCGAGTTAAGAACAGAAAAATTGGTCCTACCTGTGCACGAGGTCCGGGAAT > NC_000913/3127688‑3128273 | tctcTTTAAAGCGCGCCATCACCAACAACACACCTTTTTCCAGCGGCAGCGCGCCACCAGAAAGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGAGTaaa > 1:689387/1‑299 (MQ=255) tctTTAAAGCGCGCCATCACCAACAACACACCTTTTTCCAGCGGCAGCGCGCCACCAGAAAGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGAGTAAAgc > 1:1933/1‑299 (MQ=255) tctTTAAAGCGCGCCATCAACAACAACACACCTTTTTCCAGCGGCAGCGCGCCACCAGAAAGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGCACCGATGTGCGGTCGACATCGAGTAAAgc > 1:2026/1‑299 (MQ=255) ctTTAAAGCGCGCCATCACCAACAACACACCTTTTTCCAGCGGCAGCGCGCCACCAGAAAGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGAGTAAAgcgc > 1:568915/1‑300 (MQ=255) 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gTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGAGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTa < 1:239553/254‑1 (MQ=255) cTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCCTCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGAGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTAGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGAt > 2:202277/1‑300 (MQ=255) cTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGATGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTACAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCCGTACCGATGTGCGGTCGACATCGAGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTa > 2:203838/1‑250 (MQ=255) 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aCATCGAGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCACTTACGTGATGTGCGTGTTTTGCGAGTTAAGAACAGAAAAATTGGTCCTACCTGTGCACGAGGTCCGGGAAt > 2:685111/1‑299 (MQ=255) aCATCGAGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCACTTACGTGATGTGCGTGTTTTGCGAGTTAAGAACAGAAAAATTGGTCCTACCTGTGCACGAGGTCCGGGAAt > 1:45869/1‑299 (MQ=255) gggTAAAGCGCCATCGAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGCGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTACGTGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCAATTACGTGATGTGTGTGTTTTGCGAGTTAAGAACAGAAAAACTGGTcc > 2:297892/1‑270 (MQ=255) | TCTCTTTAAAGCGCGCCATCACCAACAACACACCTTTTTCCAGCGGCAGCGCGCCACCAGAAAGCCCGGTGCCTGCACCACGGGTCACCACCGGTACACGCAGGCGATGGCAGACAGCCAGAATCGCTGTCACCTGTTCCATTTGCTTAGGCAGAACAACCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCATTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCACTTACGTGATGTGCGTGTTTTGCGAGTTAAGAACAGAAAAATTGGTCCTACCTGTGCACGAGGTCCGGGAAT > NC_000913/3127688‑3128273 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |