| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,343,293 | +GA | coding (36/219 nt) | osmB ← | osmotically‑inducible lipoprotein OsmB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,343,290 | 1 | . | A | 90.0% | 276.5 / 28.4 | 90 | coding (39/219 nt) | osmB | osmotically‑inducible lipoprotein OsmB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/1); new base A (52/29); total (60/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 1,343,290 | 2 | . | G | 90.0% | 284.4 / 26.3 | 90 | coding (39/219 nt) | osmB | osmotically‑inducible lipoprotein OsmB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/1); new base G (52/29); total (60/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
GGATATATCCGTGGCTTTCGAATATTTTACTGTGCGTATTATTCAGTTATTTCGTACTGAACAGAATCAAGCGTATTATAATTGCGAGTCGATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑C‑‑AGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTCCTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTATAATAGCTAAGAATAAGTCTGGTGAAATTATTCCGTGAAATCTGCTCGCGCGCAGGGTTATATCACGCAGGTGATAATGACTTCCTGTTATATCGCTGATAATAATTTTATATCTTGAGAGTGTTAATAACAGGTAAATAGTCTTAATTATCAACCAGGAATCATCTTAGAGCGGATGATTTGCCAA > NC_000913/1342998‑1343565 || ggATATATCCTTTGCTTTCGAATATTTTACTGTGCGTATTATTCAGTTATTTCGTACTGAACAGAATCAAGCGTATTATAATTGCGAGTCGATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACC‑AACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑C‑‑AGagaac < 1:636133/299‑5 (MQ=255)ggATATATCCGTGGCTTTCGAATATTTTACTGTGCGTATTATTCAGTTATTTCGTACTGAACAGAATCAAGCGTATTATAATTGCGAGTCGATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑C‑‑AGagaac > 2:651053/1‑296 (MQ=255) gATATATCCGTGGCTTTCGAATATTTTACTGTGCGTATTATTCAGTTATTTCGTACTGAACAGAATCAAGCGTATTATAATTGCGAGTCGATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑C‑‑AGagaaca > 2:13525/1‑295 (MQ=255) gATATATCCGTGGCTTTCGAATATTTTACTGTGCGTATTATTCAGTTATTTCGTACTGAACAGAATCAAGCGTATTATAATTGCGAGTCGATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑C‑‑AGagaaca > 1:120535/1‑295 (MQ=255) gATATATCCGTGGCTTTCGAATATTTTACTGTGCGTATTATTCAGTTATTTCGTACTGAACAGAATCAAGCGTATTATAATTGCGAGTCGATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTACGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCAGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑C‑‑AGagaaca > 1:355225/1‑295 (MQ=255) tatCCGTGGCTTTCGAATATTTTACTGTGCGTATTATTCAGTTATTTCGTACTGAACAGAATCAAGCGTATTATAATTGCGAGTCGATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCATGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑C‑‑AGagaacagcc > 2:285825/1‑291 (MQ=255) ttattCAGTTATTTCGTACTGAACAGAATCAAGCGTATTATAATTGCGAGTCGATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATAc < 1:461341/300‑1 (MQ=255) 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gCGAGTCGATAATCGACATTTATTTACGACTATTTACCTACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACTTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACATGCACTCATAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTCCTGAATTGATGATTCACGGAAGTAAGCTCTctataac < 2:662635/298‑1 (MQ=255) gTCGATAATCGACATTTATTTACGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTCCTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTataat < 1:704700/300‑1 (MQ=255) ttatttaCGATTATTTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCNATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTCCTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTATAATAGCTAAGAATAAGTc < 1:495140/300‑1 (MQ=255) ttatttaCGATTATCTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCATAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTCCTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTATAATAGCTAAGAATAAGTc < 2:365226/300‑1 (MQ=255) attattTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTCCTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTATAATAGCTAAGAATAAGTCTGGTGAAat > 1:341493/1‑300 (MQ=255) attattTACCGACCTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTACTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTATAATAGCTAAGAATAAGTCTGGTGAAat > 1:341439/1‑300 (MQ=255) ccTGGTGACCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCATGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTACTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAAATATAATAGCTAAGAATAAGTCTGGTGAAATTATTCCGTGaaa > 2:255886/1‑300 (MQ=255) ccTGGTGACCAATAACACCTACGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ATAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTACTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTATAATAGCTAAGAATAAGTCTGGTGACATTATTCCGTGaaa > 2:255838/1‑300 (MQ=255) aCCAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCGCTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTCCTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTATAATAGCTAAGAATAAGTCTGGTGAAATTATTCCGTGAAATCTGCTc > 2:480353/1‑300 (MQ=255) ccAATAACACCTCCGACAGCTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTACTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTCTAATAGCTAAGAATAAGTCTGGTGAAATTATTCCGTGAAATCTGCTc > 2:326086/1‑299 (MQ=255) cTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGTTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTACACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTCCTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTATAATAGCTAAGAATAAGTCTGGTGAAATTATTCCTTGAAATCTGCTCGCGCGCAGGGTTatat < 2:416335/296‑1 (MQ=255) cTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCATAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTCCTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTATAATAGCTAAGAATAAGTCTGTTGAAATTATTCCGTGAAATCTGCTCGCGCGCAGGGTTatat < 2:154488/296‑1 (MQ=255) cTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCATAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTCCTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTATAATAGCTAAGAATAAGTCTGGTGAAATTATTCCGTGAAATCTGCTCGCGCGCAGGGTTatat < 1:408784/296‑1 (MQ=255) cTGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACAGGCACTCAGAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTCCTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTATAATAGCTAAGAATAAGTCTGGTGAAATTATTCCGTGAAATCTGCTCGCGCGCAGGGTTatat < 1:262006/296‑1 (MQ=255) tGCACCACCTAATGTACCCAACGTACTGCCATCGGTCAGTACTGCACCGCCTAATGCCCCTGCACCCGCGCCGATTGCGGTGTTGCGGTCCCGTTTAGACCAGTTAGAACATGCACTCATAGACATTGCCAAAGTAATTGC‑‑CAGAGA‑‑ACAGCCGCGGTCATTTTTTTGCTCGTTACAAACATAATACTCTCTCCTGAATTTATGATTCACGGAAGTAAGCTCTCTATAACTATAATAGCTAAGAATAAGTCTGGTGAAATTATTCCGTGAAATCTGCTCGCGCGCAGGGTTATATCACGc < 2:58244/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |