| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,510,609 | C→T | P327L (CCG→CTG) | yfeO → | putative transport protein YfeO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,510,609 | 0 | C | T | 98.7% | 244.3 / NA | 77 | P327L (CCG→CTG) | yfeO | putative transport protein YfeO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (64/11); total (65/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAA‑TTAAA‑CTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCC‑AGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTG‑ATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACC‑GCTGCTCTGTATCGTCATGC‑TTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCC > NC_000913/2510362‑2510855 | ccACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAA‑TTAAA‑ATTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCC‑AGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCTGGc < 1:729622/251‑1 (MQ=255) 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ccgccCTGGTCGTTGCTGCCGCC‑AGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCTGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTG‑ATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGGTGTACCCAATACCACATTTCTACC‑GCTGCTCTGTATCGTCATGC‑TTccc > 2:430759/1‑250 (MQ=255) cGTTGCTGCCGCC‑AGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCTGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTG‑ATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACC‑GCTGCTCTGTATCGTCATGC‑TTCCGGCATGGCTGt > 1:414685/1‑251 (MQ=255) gTTGCTGCCGCC‑AGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCTGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTG‑ATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACC‑GCTGCTCTGTATCGTCATGC‑TTCCGGCATGGCTGtt > 1:1172458/1‑251 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTCCTGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTG‑ATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGGCGTTGGACCCAAAAACACCTTGCTACC‑GCTGCTCTGTATCGTCATGC‑TTCCGGCATTGGTGGTATTAGCAGGGAAACCGGTGATGATGGTCAATCggc > 1:72001/1‑249 (MQ=255) ttCCTGGCAGAGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTG‑ATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCGGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTGGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGCCGGCAGACGTTGGACCCAATAACCCATTGCTACCCGC‑GTCCGGGATCGTCATGCGTCCCGCCATG‑CTGTTATTAGGATGTTACCCCATGATGATGGTCAAACGTcg > 2:947539/1‑250 (MQ=255) | CCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAA‑TTAAA‑CTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCC‑AGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTG‑ATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACC‑GCTGCTCTGTATCGTCATGC‑TTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCC > NC_000913/2510362‑2510855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |