Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 292,433 | G→A | F172F (TTC→TTT) | yagK ← | uncharacterized protein YagK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 292,433 | 0 | G | A | 98.8% | 302.3 / NA | 85 | F172F (TTC→TTT) | yagK | uncharacterized protein YagK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (43/41); minor base T (1/0); total (44/41) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAACGTTATTTAGTAGCGGACTTGCTGATGACTATCAGTAATCTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGGAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAGGTGGTAGTAAGCGTCTTTGTTGAACAACAGGCAAATGTGATAGTGGCATTTACCTGATTCAGAATACTCTTTCGCCCATATAATAAATAAAGGGCA > NC_000913/292191‑292678 | aaaCGTTATTTAGTAGCGGACTTGCTGATGACTATCAGTAATCTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGTAAGTCAGt > 2:483523/1‑251 (MQ=255) cTGATGACTATCAGTAATCTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTTTAGCACATACtt > 2:872615/1‑251 (MQ=255) cTGATGACTATCAGTAATCTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACtt > 1:1035140/1‑251 (MQ=255) gatgaCTATCAGTAATCTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACtt < 1:234574/249‑1 (MQ=255) tCTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTa > 1:849906/1‑211 (MQ=255) tCTATAGAAAATTGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTa < 2:849906/211‑1 (MQ=255) tGCGTAACGAAACTGCATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGgaccagacc > 1:924068/1‑249 (MQ=255) 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cATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGtct < 1:566691/247‑1 (MQ=255) cATTTTAGTAATTTTTTGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGtct > 2:566691/1‑247 (MQ=255) ttttttGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGgt > 1:818322/1‑181 (MQ=255) ttttttGAAACAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGgt < 2:818322/181‑1 (MQ=255) 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aCAATACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTAc > 2:803716/1‑251 (MQ=255) tACAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGACGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAgg > 1:430575/1‑251 (MQ=255) cAAATAAGGCCTTCTCACTGAGAAGGCCATTACCGACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCt > 1:16790/1‑251 (MQ=255) 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gACTTACAGTTCGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGAt < 1:1082343/251‑1 (MQ=255) cGATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCg > 1:723822/1‑251 (MQ=255) gATTTGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGa < 1:779652/251‑1 (MQ=255) ttGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCACCTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCt > 1:556751/1‑205 (MQ=255) ttGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCt < 2:556751/205‑1 (MQ=255) ttGGCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAggt > 2:398890/1‑251 (MQ=255) ggCTACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAggtg < 1:483523/250‑1 (MQ=255) tACAGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAggtggt > 2:406323/1‑249 (MQ=255) aGCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAGGTGGTAGTaa < 2:723822/251‑1 (MQ=255) gCCGAAGTTACGGTCTCCTTCACCAAACACTTTGCTTTCAACTTTGGTCAGGTAGTCCAGTCGGGTTAACAGCGCCTGGTAGTTCTGCTGAAAGTCAGTACTATTGGTGTCTAGCACATACTTACAGTTTTCAGGAAAATGGACCAGACCAGGGTGATCGTCTCTCTCCAGTCTCAGGGCGCTGTACCAGGCTCCTGTGATCATCCCTCTAAGGTTATCGTCCTGATCGTAATCCCCGAGGTGGTAGTAAg < 1:872060/251‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |