| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,222,743 | C→T | intergenic (‑256/+61) | arpA ← / ← iclR | regulator of acetyl CoA synthetase/DNA‑binding transcriptional repressor IclR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,222,743 | 0 | C | T | 98.9% | 313.1 / ‑4.8 | 89 | intergenic (‑256/+61) | arpA/iclR | regulator of acetyl CoA synthetase/DNA‑binding transcriptional repressor IclR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (52/36); total (53/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
TTGATGTCTTGAATTTTAACTATCAGAACAGTGAAAAAATTTAATATGATTACAACTAAAGAAATATCATAAATCGCTCAATCTCATAATGCAGCCGTAAAAGTTTCGGTGGAATGAGATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACCCTTATTCTATTGCCACTCAGGTATGATGGGCAGAATATTGCCTCTGCCCGCCAGAAAAAGTCAGCGCATTCCACCGTACGCCAGCGTCACTTCCTTCGCCGCTTTAATCACCATCGCGCCAAACTCGGTCACGCGGTCATCGGTAATACGTGAAATCGGTCCGGAAATAGAAATTGCGGCAAACGGTTCACGGTGCTCATCGAAAATACACGCTGCAAGGCAACGTAGCCCCAGTGCATGTTCC > NC_000913/4222507‑4222987 | ttGATGTCTTGAATTTTAACTATCAGAACAGTGAAAAAATTTAATATGATTACAACTAAAGAAATATCATAAATCGCTCAATCTCATAATGCAGCCGTAAAAGTTTCGGTGGAATGAGATCTTGCGATTTTGTTAATAATTAAGTGGTTTGATGTTTAAAAATAATGCTGAGTTAATAAAAGTGTGTGAAGTGTATGACATTAAGTTATTTTGGCGTCAATGCGATTAACAGACACTCTTATTCTATTGc < 2:950245/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |