| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,950,099 | C→T | intergenic (‑130/‑223) | yifB ← / → ilvL | putative magnesium chelatase YifB/ilvXGMEDA operon leader peptide |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,950,099 | 0 | C | T | 98.3% | 203.0 / NA | 59 | intergenic (‑130/‑223) | yifB/ilvL | putative magnesium chelatase YifB/ilvXGMEDA operon leader peptide |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (26/32); minor base G (1/0); total (27/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
CTGGTAAGCCCACCATCGTTAAGCCGGGTAGACCTTTACTGATATGTACCTCAACAGTGATCGGGGGCGCATTTACTCCCAGGGCTGCGCGGGTATGAACAATTGACAGTGACATAAGCCCTCCTTGAGTCACCATTATGTGCATAAGATATCGCTGCTGTAGCCCGCTAATTCGTGAATTTTAGTGGCTGATTCCTGTTTATTTGTGCAAGTGAAGTTGAGTTGTTCTGGCGGTGGAATGATGCTCGCAAAAATGCAGCGGACAAAGGATGAACTACGAGGAAGGGAACAACATTCATACTGAAATTGAATTTTTTTCACTCACTATTTTATTTTTAAAAAACAACAATTTATATTGAAATTATTAAACGCATCATAAAAATCGGCCAAAAAATATCTTGTACTATTTACAAAACCTATGGTAACTCTTTAGGCATTCCTTCGAACAAGATGCAAGAAAAGACAAAATGACAGCCCTTCTACGAGTGATT > NC_000913/3949855‑3950345 | cTGGTAAGCCCACCATCGTTAAGCCGGGTAGACCTTTACTGATATGTACCTCAACAGTGATCGGGGGCGCATTTACTCCCAGGGCTGCGCGGGTATGAACAATTGACAGTGACATAAGCCCTCCTTGAGTCACCATTATGTGCATAAGATATCGCTGCTGTAGCCCGCTAATTCGTGAATTTTAGTGGCTGATTCCTGTTTATTTGTGCAAGTGAAGTTGAGTTGTTCTGGCGGTGGAATGATGTTCGCa > 2:847814/1‑250 (MQ=255) tAAGCCCACCATCGTTAAGCCGGGTAGACCTTTACTGATATGTACCTCAACAGTGATCGGGGGCGCATTTACTCCCAGGGCTGCGCGGGTATGAACAATTGACAGTGACATAAGCCCTCCTTGAGTCACCATTATGTGCATAAGATATCGCTGCTGTAGCCCGCTAATTCGTGAATTTTAGTGGCTGATTCCTGTTTATTTGTGCAAGTGAAGTTGAGTTGTTCTGGCGGTGGAATGATGTTCGCAAAAAt > 2:1102745/1‑251 (MQ=255) aaGCCCACCATCGTTAATCCGGGTAGACCTTTACTGATATGTACCTCAACAGTGATCGGGGGCGCATTTACTCCCAGGGCTGCGCTGGTATGAACAATTGACAGTGACATAAGCCCTCCTTGAGTCACCATTATGTGCATAAGATATCGCTGCTGTAGCCCGCTAATTCGTGAATTTTAGTGGCTGATTCCTGGTTATTTGTGCAAGTGAAGTTGAGTTGTTCTGGCGGTGGAATGATGTTCGCAAAAAt < 2:771996/250‑1 (MQ=255) gCCCACCATCGTTAAGCCGGGTAGACCTTTACTGATATGTACCTCAACAGTGATCGGGGGCGCATTTACTCCCAGGGCTGCGCGGGTATGAACAATTGACAGTGACATAAGCCCTCCTTGAGTCACCATTATGTGCATAAGATATCGCTGCTGTAGCCCGCTAATTCGTGAATTTTAGTGGCTGATTCCTGTTTATTTGTGCAAGTGAAGTTGAGTTGTTCTGGCGGTGGAATGATGTTCGCAAAAATGCa < 1:237686/251‑1 (MQ=255) caccaTCGTTAAGCCGGGTAGACCTTTACTGATATGTACCTCAACAGTGATCGGGGGCGCATTTACTCCCAGGGCTGCGCGGGTATGAACAATTGACAGTGACATAAGCCCTCCTTGAGTCACCATTATGTGCATAAGATATCGCTGCTGTAGCCCGCTAATTCGTGAATTTTAGTGGCTGATTCCTGTTTATTTGTGCAAGTGAAGTTGAGTTGTTCTGGCGGTGGAATGATGTTCGCAAAAATGCAGCg < 1:354618/251‑1 (MQ=255) gTTAAGCCGGGTAGACCTTTACTGATATGTACCTCAACAGTGATCGGGGGCGCATTTACTCCCAGGGCTGCGCGGGTATGAACAATTGACAGTGACATAAGCCCTCCTTGAGTCACCATTATGTGCATAAGATATCGCTGCTGTAGCCCGCTAATTCGTGAATTTTAGTGGCTGATTCCTGTTTATTTGTGCAAGTGAAGTTGAGTTGTTCTGGCGGTGGAATGATGTTCGCAAAAATGCAGCGGACaa > 2:392484/1‑249 (MQ=255) aCCTTTACTGATATGTACCTCAACAGTGATCGGGGGCGCATTTACTCCCAGGGCTGCGCGGGTATGAACAATTGACAGTGACATAAGCCCTCCTTGAGTCACCATTATGTGCATAAGATATCGCTGCTGTAGCCCGCTAATTCGTGAATTTTAGTGGCTGATTCCTGTTTATTTGTGCAAGTGAAGTTGAGTTGTTCTGGCGGTGGAATGATGTTCGCAAAAATGCAGCGGACAAAGGATGAACTACGAgg > 1:1009632/1‑251 (MQ=255) 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atGTACCTCAACAGTGATCGGGGGCGCATTTACTCCCAGGGCTGCGCGGGTATGAACAATTGACAGTGACATAAGCCCTCCTTGAGTCACCATTATGTGCATAAGATATCGCTGCTGTAGCCCGCTAATTCGTGAATTTTAGTGGCTGATTCCTGTTTATTTGTGCAAGTGAAGTTGAGTTGTTCTGGCGGTGGAATGATGTTCGCAAAAATGCAGCGGACAAAGGATGAACTACGAGGAAGGGAacaaca < 2:1182858/251‑1 (MQ=255) tACCTCAACAGTGATCGGGGGCGCATTTACTCCCAGGGCTGCGCGGGTATGAACAATTGACAGTGACATAAGCCCTCCTTGAGTCACCATTATGTGCATAAGATATCGCTGCTGTAGCCCGCTAATTCGTGAATTTTAGTGGCTGATTCCTGTTTATTTGTGCAAGTGAAGTTGAGTTGTTCTGGCGGTGGAATGATGTTCGCAAAAATGCAGCGGACAAAGGAt > 1:276600/1‑225 (MQ=255) tACCTCAACAGTGATCGGGGGCGCATTTACTCCCAGGGCTGCGCGGGTATGAACAATTGACAGTGACATAAGCCCTCCTTGAGTCACCATTATGTGCATAAGATATCGCTGCTGTAGCCCGCTAATTCGTGAATTTTAGTGGCTGATTCCTGTTTATTTGTGCAAGTGAAGTTGAGTTGTTCTGGCGGTGGAATGATGTTCGCAAAAATGCAGCGGACAAAGGAt < 2:276600/225‑1 (MQ=255) 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gatgTTCGCAAAAATGCAGCGGACAAAGGATGAACTACGAGGAAGGGAACAACATTCATACTGAAATTGAATTTTTTTCACTCACTATTTTATTTTTAAAAAACAACAATTTATATTGAAATTATTAAACGCATCATAAAAATCGGCCAAAAAATATCTTGTACTATTTACAAAACCTATGGTAACTCTTTAGGCATTCCGTCGAACAAGATGCAAGAAAAGACAAAATGACAGCCCTTCTACGAGTGAtt < 1:1131412/251‑1 (MQ=255) | CTGGTAAGCCCACCATCGTTAAGCCGGGTAGACCTTTACTGATATGTACCTCAACAGTGATCGGGGGCGCATTTACTCCCAGGGCTGCGCGGGTATGAACAATTGACAGTGACATAAGCCCTCCTTGAGTCACCATTATGTGCATAAGATATCGCTGCTGTAGCCCGCTAATTCGTGAATTTTAGTGGCTGATTCCTGTTTATTTGTGCAAGTGAAGTTGAGTTGTTCTGGCGGTGGAATGATGCTCGCAAAAATGCAGCGGACAAAGGATGAACTACGAGGAAGGGAACAACATTCATACTGAAATTGAATTTTTTTCACTCACTATTTTATTTTTAAAAAACAACAATTTATATTGAAATTATTAAACGCATCATAAAAATCGGCCAAAAAATATCTTGTACTATTTACAAAACCTATGGTAACTCTTTAGGCATTCCTTCGAACAAGATGCAAGAAAAGACAAAATGACAGCCCTTCTACGAGTGATT > NC_000913/3949855‑3950345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |