| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,278,428 | T→G | F158V (TTT→GTT) | narK → | nitrate:nitrite antiporter NarK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,278,428 | 0 | T | G | 98.6% | 259.9 / NA | 71 | F158V (TTT→GTT) | narK | nitrate:nitrite antiporter NarK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base G (32/37); minor base A (0/1); total (32/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTACCGAAAGTCGGCTTTAATTTTACGACCGATCAGCTATTTATGT‑TGACTGCGCTGCCTTCGGTTTCTGGCGCGTTATTACGTGTTCCATACTCCTTTATGGTTCCTATCTTCGGTGGTCGTCGCTGGACGGCGTTCAGCACCGGTATTCTGATTATTCCTTGCGTCTGGCTGGGTTTTGCCGTGCAGGATACCTCCACGCCTTATAGCGTCTTCATCATCATCTCTCTGCTATGCGGCTTTGCTGGCGCGAACTTCGCATCCAGTATGGCAAACATCAGCTTCTTCTTTCCGAAACAGAAGCAGGGTGGCGCGCTGGGTCTGAATGGTGGTCTGGGAAACATGGGCGTCAGCGTCATGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGCGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAGCAGTTGCCGGTACTCAAACGGGGTC > NC_000913/1278139‑1278719 | ccTACCGAAAGTCGGCTTTAATTTTACGACCGATCAGCTATTTATGT‑TGACTGCGCTGCCTTCGGTTTCTGGCGCGTTATTACGTGTTCCATACTCCTTTATGGTTCCTATCTTCGGTGGTCGTCGCTGGACGGCGTTCAGCACCGGTATTCTGATTATTCCTTGCGTCTGGCTGGGTTTTGCCGTGCAGGATACCTCCACGCCTTATAGCGTCTTCATCATCATCTCTCTGCTATGCGGCTTTGCTGGCGCGAACTTCGCATCCAGTATGGCAAACATCAGCTTCTTCGTTCCGAAACa > 1:522969/1‑300 (MQ=255) aGTCGGCTTTAATTTTACGACCGATCAGCTATTTATGT‑TGACTGCGCTGCCTTCGGTTTCTGGCGCGTTATTACGTGTTCCATACTCCTTTATGGTTCCTATCTTCGGTGGTCGTCGCTGGACGGCGTTCAGCACCGGTATTCTGATTATTCCTTGCGTCTGGCTGGGTTTTGCCGTGCAGGATACCTCCACGCCTTATAGCGTCTTCATCATCATCTCTCTGCTATGCGGCTTTGCTGGCGCGAACTTCGCATCCAGTATGGCAAACATCAGCTTCTTCGTTCCGAAACAGAAGCAggg < 1:323206/300‑1 (MQ=255) gTCGGCTTTAATTTTACGACCGATCAGCTATTTATGT‑TGACTGCGCTGCCTTCGGTTTCTGGCGCGTTATTACGTGTTCCATACTCCTTTATGGTTCCTATCTTCGGTGGTCGTCGCTGGACGGCGTTCAGCACCGGTATTCTGATTATTCCTTGCGTCTGGCTGGGTTTTGCCGTGCAGGATACCTCCACGCCTTATAGCGTCTTCATCATCATCTCTCTGCTATGCGGCTTTGCTGGCGCGAACTTCGCATCCAGTATGGCAAACATCAGCTTCTTCGTTCCGAAACAGAAGCAggg < 2:549166/299‑1 (MQ=255) tttAATTTTACGACCGATCAGCTATTTATGT‑TGACTGCGCTGCCTTCGGTTTCTGGCGCGTTATTACGTGTTCCATACTCCTTTATGGTTCCTATCTTCGGTGGTCGTCGCTGGACGGCGTTCAGCACCGGTATTCTGATTATTCCTTGCGTCTGGCTGGGTTTTGCCGTGCAGGATACCTCCACGCCTTATAGCGTCTTCATCATCATCTCTCTGCTATGCGGCTTTGCTGGCGCGAACTTCGCATCCAGTATGGCAAACATCAGCTTCTTCGTTCCGAAACAGAAGCAGGGTGgcgc < 1:141406/299‑1 (MQ=255) 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CCTACCGAAAGTCGGCTTTAATTTTACGACCGATCAGCTATTTATGT‑TGACTGCGCTGCCTTCGGTTTCTGGCGCGTTATTACGTGTTCCATACTCCTTTATGGTTCCTATCTTCGGTGGTCGTCGCTGGACGGCGTTCAGCACCGGTATTCTGATTATTCCTTGCGTCTGGCTGGGTTTTGCCGTGCAGGATACCTCCACGCCTTATAGCGTCTTCATCATCATCTCTCTGCTATGCGGCTTTGCTGGCGCGAACTTCGCATCCAGTATGGCAAACATCAGCTTCTTCTTTCCGAAACAGAAGCAGGGTGGCGCGCTGGGTCTGAATGGTGGTCTGGGAAACATGGGCGTCAGCGTCATGCAGTTGGTTGCTCCGCTGGTGGTATCACTGTCGATTTTCGCAGTATTTGGTAGCCAGGGCGTCAAACAGCCGGATGGGACTGAGCTGTATCTGGCGAATGCGTCCTGGATATGGGTGCCGTTCCTTGCCATCTTCACCATTGCGGCGTGGTTTGGCATGAACGATCTTGCTACCTCGAAAGCCTCCATCAAGGAGCAGTTGCCGGTACTCAAACGGGGTC > NC_000913/1278139‑1278719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |