| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,360,965 | 0 | C | A | 30.9% | 308.9 / 29.8 | 162 | E324* (GAG→TAG) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/79); new base A (50/0); total (83/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.46e-20 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
ATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAAT > NC_000913/4360670‑4361261 | aTTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGc < 1:483463/300‑1 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aaTTTGCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTGGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGACGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGa < 2:167787/300‑1 (MQ=255) gTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCaaa < 1:559222/300‑1 (MQ=255) tctcCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAAt < 1:699245/300‑1 (MQ=255) | ATTTGATATATAATGGACAGGTTGTTCAATTCCGGCAGTGTAACAATGTTATCTATTTCTGTGTTCAGTGCTGCTAATTGTTTTTCATCTAAAGGATGTTGAGAATGGCGCACGATATCAACTAATGCTTTTTCTGCTCTCGCGTAGGTAAATTCTGGGGATGATTGAACAATCTCACCTAATAATTCACTGGCACGGTTCAATGATTTATCATCGCCATGCAGTAAATAATCATGTGCCTGATAAAAATTAGTTAATAACGCACCACGATGCGGCAAAATTTTCTGGAGCGTCTCCTGCATTCGTTGTGGCCACGGTTGGTTTAACGCTTTTGATAAACTCTCCAGTAAATCATTTTGAATCGCCAGCTGATTACCGTTAGTGATGACATAACGTTTATCCAGCATGGTTGAACCATCTGCATTGTCTACCAATTTTATCGACATAAAGCATTGTTGAGCACGGTATTGGCGCTGATTAACAAACGCAATAGATAATGTTTTACCGGAACTGCTCGGTTCATCAATGTTGTAGTTGATTTTGTCATGCACCATAAAGGTGGAGAAGGTGTTAAGTGATGTCGCCACCAAAT > NC_000913/4360670‑4361261 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |