| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/39); new base A (31/0); total (72/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.75e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
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gCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCG‑GAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGc > 1:766472/1‑300 (MQ=255) ccTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCAGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCG‑GAAGACACCAAAAAGTTGTAGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGCa > 2:615698/1‑300 (MQ=255) aTTGCATATTGTCCAGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCG‑GAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGNCGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGCTGTGTAATCCGGCACTGGAGTTTACCGCATCGt > 2:681717/1‑300 (MQ=255) aTTGCATATTGTCCAGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCG‑GAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGCACTGGAGTTTACCGAATCGt > 1:473265/1‑300 (MQ=255) atatTGTCCAGTTGGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCG‑GAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTATTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCAATTGAAGAATCACTCTTATGGTAAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATAAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCATTGATGTGGAATc > 2:357680/1‑271 (MQ=255) gTCCCGTTAGTGGTTTCNAAATGAGCAGTAAAAATGNCCG‑GAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGCACTGGAGTTTACCNAATCGTGCACCGGTac < 1:731868/300‑1 (MQ=255) | GTATAAAACGAAAAGCGATCTGCCGGAAAGCGTAAAGCACGTTCTACCGTCTCATGCCCAGGATATCTATAAAGAAGCGTTCAACAGCGCATGGGATCAATATAAAGATAAAGAAGATCGGCGTGATGACGCCAGTCGCGAAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCG‑GAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGCACTGGAGTTTACCGAATCGTGCACCGGTACAC > NC_000913/1272124‑1272717 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |