| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 332,975 | 0 | C | A | 33.1% | 210.5 / 15.1 | 136 | S202* (TCG→TAG) | pdeL | DNA‑binding transcriptional regulator/c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/52); new base A (44/1); total (83/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CACCATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAG‑T‑CTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTA‑TTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGG‑‑ACAATT‑‑TCCATATTGGCATCA‑‑ACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAATGGCGAGTGTCGACGAAATCTCCGGT > NC_000913/332683‑333267 | cACCATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAG‑T‑CTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTA‑TTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGG‑‑ACAATT‑‑TACATATTGACATCA‑‑ACATCCCGGCGGgt > 2:139209/1‑300 (MQ=255) ccATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAG‑T‑CTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTA‑TTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGG‑‑ACAATT‑‑TCCATATTGGCATCC‑‑ACGTCTCGGCGGgtt > 1:5822/1‑299 (MQ=255) ccATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAG‑T‑CTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTA‑TTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGG‑‑ACAATT‑‑TCCATATTGGCATCA‑‑ACGTCTCGGCGGgtt > 1:5808/1‑299 (MQ=255) cGCCTGAAGCCATCAG‑T‑CTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTA‑TTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGG‑‑ACAATT‑‑TCCATATTGGCCTCA‑‑ACGTCTAGGCGGGTTGTTTTTTGGCa > 1:343988/1‑299 (MQ=255) cGCCTGAAGCCATCAG‑T‑CTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTA‑TTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGG‑‑ACAATT‑‑TCCATATTGGCATCA‑‑ACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCa > 1:566321/1‑299 (MQ=255) cGCCTGAAGCCATCAG‑T‑CTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTA‑TTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGG‑‑ACAATT‑‑TCCATATTGGCATCA‑‑ACGTCTAGGCGGGTTGTTTTTTGGCa > 1:789731/1‑299 (MQ=255) cGCCTGAAGCCATCAG‑T‑CTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCAACGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTA‑TTGTCATAATGACCAGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGG‑‑ACAATT‑‑TCCATATTGGCATCA‑‑ACGTCTAGGCGGGTTGTTTTTTGGCa > 2:72331/1‑299 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CACCATATCGTCACGCCTGAAGCCATCAG‑T‑CTGGCGTTGGAAAACCACGAATTCAAACCGTGGATCCAACCGGTTTTCTGCGCGCAGACTGGCGTACTGACGGGCTGTGAGGTGCTTGTCCGCTGGGAACATCCACAAACGGGAATTATCCCACCGGATCAGTTTATTCCTCTGGCGGAGTCATCCGGTCTTA‑TTGTCATAATGACCCGCCAACTGATGAAACAGACTGCGGATATTCTGATGCCGGTAAAACATTTGCTGCCGG‑‑ACAATT‑‑TCCATATTGGCATCA‑‑ACGTCTCGGCGGGTTGTTTTTTGGCAGCGGGATTTGAAAAAGAGTGTCTGAACCTGGTTAATAAATTAGGTAACGATAAAATCAAGCTGGTTCTCGAGCTAACGGAACGTAACCCTATTCCGGTAACGCCAGAAGCCAGAGCGATATTTGACAGCCTTCATCAGCACAACATTACCTTTGCGCTGGATGACTTTGGTACGGGTTATGCGACCTATCGTTACTTGCAGGCGTTCCCGGTCGATTTTATTAAGATCGATAAGTCATTTGTGCAAATGGCGAGTGTCGACGAAATCTCCGGT > NC_000913/332683‑333267 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |