| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 2653746 = | 106 (1.100) | intergenic (‑291/‑109) | timR/ryfA | putative small regulatory RNA TimR/small regulatory RNA RyfA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AGGCGAACTAAAAACGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTAC‑TTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGT > NC_000913/2653123‑2653718 | aGGCGAACTAAAAACGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACt < 1:240262/300‑1 (MQ=255) 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aaaaCGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACAt < 1:876748/300‑1 (MQ=255) aaaaCGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACAt < 2:720400/300‑1 (MQ=255) gACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCACGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCTGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGc < 2:571696/299‑1 (MQ=255) 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gACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTAC‑TTAAACATGTAAATTCATTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGACAAAATCAGGCGGTGTTTTGTTGCTGGt > 1:870739/1‑300 (MQ=255) gACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTAC‑TTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGt > 1:870821/1‑300 (MQ=255) | AGGCGAACTAAAAACGACCGATGAACTGGATGCGATATTTTTTGGTCGCGGCGTCAGCTACGACAAACCAATTATCGTCAGCTGCGGCTCTGGTGTAACGGCAGCCGTGGTTTTGTTAGCACTCGCGACGCTGGATGTGCCAAACGTGAAACTGTACGACGGCGCATGGAGTGAATGGGGCGCGCGGGCAGATTTACCGGTTGAGCCAGTGAAATAAGTATTTTACAGGCAATAAAAAACCGCCGAATTTGGCGGTTTTTTATTGCTAGTCTGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGACTTGTGTTACATGAGCAACGCAGGTGCTTCACAGCA‑AAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTAC‑TTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAAAACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGT > NC_000913/2653123‑2653718 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |