| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 1293199 | 118 (1.120) | 24 (0.230) | 22/590 | 3.5 | 16.9% | intergenic (‑277/‑328) | hns/tdk | DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine/deoxyuridine kinase |
| ? | NC_000913 | 1299499 = | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
AGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCTTATAACAAGCGAGGCAGTTGTAATGATAGCTCAGAAGGATTATGCAAGGCTTCGTAAGGGAGAACGCATATACCCACTTCTGTGCATACTGTTGAGCTGAAAAACTGACGAATTATGATAAACTCCA > NC_000913/1292900‑1293489 | aGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAg < 2:387315/300‑1 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aaTTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTCAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTANCCAGAAAAGGCGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAggg < 2:646774/300‑3 (MQ=255) aTTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAGACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTtg < 1:834652/300‑1 (MQ=255) aTTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTTAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTtg < 1:256605/300‑1 (MQ=255) aTTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTtg < 1:834157/300‑1 (MQ=255) aTTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGNTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAggga > 1:624057/1‑297 (MQ=255) aTTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCGCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATTTGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGtt < 2:46594/299‑1 (MQ=255) 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aTCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTACTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCTTATAACAAGCGAGGCAGTTGTAATGATAGCTCAGAAGGATTATGCAAGGCTTCGTAAGGGAGAACGCATATACCCACTTCTGTGCATACTGTTGAGCtaaa > 2:249577/1‑297 (MQ=255) tCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCTTATAACAAGCGAGGCAGTTGTAATGATAGCTCAGAAGGATTATGCAAGGCTTCGTAAGGGAGAACGCATATACCCACTTCTGTGCATACTGTTGAGCTGaaa < 1:673270/300‑1 (MQ=255) cttctGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTACTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCTTATAACAAGCGAGGCAGTTGTAATGATAGCTCAGAAGGATTATGCAAGGCTTCGTAAGGGAGAACGCATATACCCACTTATGTGCATACTGTTGAGCTGAAAAACTGACGACTTATGATAAACTc > 2:331226/1‑300 (MQ=255) | AGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTATTGCACTATCTCCTGGAGGTCAACAGAGGGCTATTACTTGCGCAACAGGTTAAAGATTGTGAATAGTTACCAGCAGTCATTTACCCGCTTATAACAAGCGAGGCAGTTGTAATGATAGCTCAGAAGGATTATGCAAGGCTTCGTAAGGGAGAACGCATATACCCACTTCTGTGCATACTGTTGAGCTGAAAAACTGACGAATTATGATAAACTCCA > NC_000913/1292900‑1293489 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |