| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,560,455 | +G | intergenic (+589/+167) | rtcR → / ← glpG | DNA‑binding transcriptional activator RtcR/rhomboid protease GlpG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,560,455 | 1 | . | G | 99.0% | 355.1 / ‑2.3 | 99 | intergenic (+589/+167) | rtcR/glpG | DNA‑binding transcriptional activator RtcR/rhomboid protease GlpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (42/56); total (43/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
ATCGCGGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCG‑TGTTAAC‑CGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTC‑GCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAA‑AAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACCAT > NC_000913/3560163‑3560733 | aTCGCGGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCG‑TGTTAAC‑CGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGAt < 1:844893/300‑1 (MQ=255) 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ggtaGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTC‑ACGACGAATAGTCTGCGGGCTGACGGGGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTCGTGTTTGTTTCATTTATAAATCGCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATTAGCAA‑AAGCCATCGATAAACCACCGGATCACACGGCGATGTGTGCTCCGTTCTCCATCGaagtatcaaaaaaatcaaa > 2:431518/4‑282 (MQ=255) aGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTC‑GCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAANTGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAA‑AAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAAcc < 2:689725/299‑1 (MQ=255) gcgcCGCACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTC‑GCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAA‑AAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACCAt > 1:503819/1‑300 (MQ=255) ccgccgcACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTC‑GCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCATGCTGTTTAGCCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAA‑AAGCAATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGCTGTGTGCTTCGTTCGCCATCGACCTCCACAACAAATCCAACCa > 2:566783/2‑299 (MQ=255) acgccgcACCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTC‑GCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAA‑AAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACCAt > 2:566510/2‑300 (MQ=255) | ATCGCGGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCG‑TGTTAAC‑CGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTC‑GCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAA‑AAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCATCGACATCCCAAACAAATCAAACCAT > NC_000913/3560163‑3560733 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |