| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,073,613 | 0 | G | T | 35.9% | 118.2 / 10.9 | 78 | R692L (CGG→CTG) | flu | self recognizing antigen 43 (Ag43) autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/18); new base T (0/28); total (32/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AACCCTGAAAGTGAAAAACCTGAACGGACAGAATGGCACCATCAGCCTGCGTGTACGCCCGGATATGGCACAGAACAATGCTGACAGACTGGTCATTGACGGCGGCAGGGCAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCCCCCTGTATGCCTCCATGCTGACACAGGCAATGGACTATGACCGGATTGTGGCAGGCTCCCGCAGCCATCAGACCGGTGTAAATGGTGAAAACAACAGCGTCCGTCTCAGCATTCAGGGCGGTCATCTCGGTCACGATAACAATGGCGGTATTGCCCGTGGGGCCACGCCGGAAAGCAGCGGCAGCTATGGATTCGTCCGTCTGGAGGGTGACCTGATGAGAACAGAGGTTGCCGGTATGTC > NC_000913/2073329‑2073910 | aaCCCTGAAATTGAAAAACCTGAACGGACAGAATTGCACCATCAGCCTGCGTGTACGCCCGGATATGGCACAGAACAATGCTGACAGACTGGTCATTGACGGCGGCAGGGCAACCGGAAAAACCATCCTGAACCTGGTGAACGCCGGCAACAGTGCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCTGGACAGTGATgaga < 2:295691/299‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |