| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 85,651 | 0 | G | T | 32.3% | 185.0 / 13.5 | 130 | E8* (GAG→TAG) | ilvI | acetolactate synthase/acetohydroxybutanoate synthase, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/53); new base T (0/42); total (35/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.00e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GAATGTAGAATTTTATTCTGAATGTGTGGGCTCTCTATTTTAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTCTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTACACATTTTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAG‑TTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTT > NC_000913/85367‑85949 | gAATGTAGAATTTTATTCTGAATGTGTGGGCTCTCTATTTTAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTCTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTACACATTTTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCTAGATGGTCGTCCGAt < 1:452958/300‑1 (MQ=255) 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gAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACTGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAG‑TTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGaact > 1:356768/1‑297 (MQ=255) cGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGTGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGGTTCCATTCCATTAGCTTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGt > 2:597710/1‑300 (MQ=255) gagaTGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAG‑TTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGtt > 1:48716/1‑299 (MQ=255) | GAATGTAGAATTTTATTCTGAATGTGTGGGCTCTCTATTTTAGGATTAATTAAAAAAATAGAGAAATTGCTGTAAGTTGTGGGATTCAGCCGATTTATTATCAATTTAATCCTCTGTAATGGAGGATTTTATCGTTTCTTTTCACCTTTCCTCCTGTTTATTCTTATTACCCCGTGTTTATGTCTCTGGCTGCCAATTGCTTAAGCAAGATCGGACGGTTAATGTGTTTTACACATTTTTTCCGTCAAACAGTGAGGCAGGCCATGGAGATGTTGTCTGGAGCCGAGATGGTCGTCCGATCGCTTATCGATCAGGGCGTTAAACAAGTATTCGGTTATCCCGGAGGCGCAGTCCTTGATATTTATGATGCATTGCATACCGTGGGTGGTATTGATCATGTATTAGTTCGTCATGAGCAGGCGGCGGTGCATATGGCCGATGGCCTGGCGCGCGCGACCGGGGAAGTCGGCGTCGTGCTGGTAACGTCGGGTCCAGGGGCGACCAATGCGATTACTGGCATCGCCACCGCTTATATGGATTCCATTCCATTAG‑TTGTCCTTTCCGGGCAGGTAGCGACCTCGTT > NC_000913/85367‑85949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |