| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,405,758 | G→A | intergenic (‑7/‑221) | mcaS ← / → smrA | small regulatory RNA McaS/DNA endonuclease SmrA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,405,758 | 0 | G | A | 99.2% | 415.9 / NA | 120 | intergenic (‑7/‑221) | mcaS/smrA | small regulatory RNA McaS/DNA endonuclease SmrA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (67/51); minor base C (1/0); total (69/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CAGCAAACTGCCTGAAGAAATGGGCTGCGATCCCTTGCACGGACAGGGGCTGGTGATGTTGCCGGTTAGCGAAATTTTACCGAAAGCGGCCTATTATTTGATTCAGCGGCGTGATAGTCGCCAGACACCACTGACCGCGTCATTAATCACGCAATTCCGGCGAGAATGCGGCTATCTGCAAAGTTAAAACTGCATAAAAAAATAGAGTCTGTCGACATCCGCCAGACTCTACAGTACACACAGCAGTGCATCCGCGTCTTAAATCCGGCATTGTCTCCTCTGCGCCGGTGACTGTGTTATAACGGTTTTAACCTTTAGTTGCCAATTTTCTTCAGTGACAGATTTCACGAAAATATAAGTTACATTATTAATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATCGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAACGTGCTACCG > NC_000913/1405463‑1406048 | cAGCAAACTGCCTGAAGAAATGGGCTGCGATCCCTTGCACGGACAGGGGCTGGTGATGTTGCCGGTTAGCGAAATTTTACCGAAAGCGGCCTATTATTTGATTCAGCGGCGTGATAGTCGCCAGACACCACTGACCGCGTCATTAATCACGCAATTCCGGCGAGAATGCGGCTATCTGCAAAGTTAAAACTGCATAAAAAAATAGAGTCTGTCGACATCCGCCAGACTCTACAGTACACACAGCAGTGCATCCGCGTCTTAAATCCGGCATTGTCTACTCTGCGCCGGTGACTGtattat > 2:517150/1‑300 (MQ=255) 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ggTGACTGTATTATAACGGTTTTAACCTTTAGTTGCCAATTTTCTTCAGTGACAGATTTCACGAAAATATAAGTTACATTATTAATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATCGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAACGTGCTACCg < 1:706045/300‑1 (MQ=255) cTGTATTATAACGGTTTTAACCTTTAGTTGCCAATTTTCTTCAGTGACAGATTTCACGAAAATATAAGTTACATTATTAATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTAttt < 2:660255/112‑1 (MQ=255) cTGTATTATAACGGTTTTAACCTTTAGTTGCCAATTTTCTTCAGTGACAGATTTCACGAAAATATAAGTTACATTATTAATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTAttt > 1:660255/1‑112 (MQ=255) | CAGCAAACTGCCTGAAGAAATGGGCTGCGATCCCTTGCACGGACAGGGGCTGGTGATGTTGCCGGTTAGCGAAATTTTACCGAAAGCGGCCTATTATTTGATTCAGCGGCGTGATAGTCGCCAGACACCACTGACCGCGTCATTAATCACGCAATTCCGGCGAGAATGCGGCTATCTGCAAAGTTAAAACTGCATAAAAAAATAGAGTCTGTCGACATCCGCCAGACTCTACAGTACACACAGCAGTGCATCCGCGTCTTAAATCCGGCATTGTCTCCTCTGCGCCGGTGACTGTGTTATAACGGTTTTAACCTTTAGTTGCCAATTTTCTTCAGTGACAGATTTCACGAAAATATAAGTTACATTATTAATATCGTGAATGAATAATCATGCATAAGTATTTTGCTTAAAATATCGGCAATATTTGGAACTTATTACTGGAAATTTGGGTAATACGTTGTTGGACCGACCCGGTCTGGTTATCATATCGCGCTCTTAATTGCGGGAGGATGTAACATGAACCTTGACGACAAATCGCTGTTTCTTGACGCCATGGAAGATGTCCAGCCGCTGAAACGTGCTACCG > NC_000913/1405463‑1406048 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |