| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,609,473 | G→A | L329L (CTG→CTA) | hyfG → | hydrogenase 4 catalytic subunit HyfG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,609,473 | 0 | G | A | 99.2% | 389.7 / NA | 121 | L329L (CTG→CTA) | hyfG | hydrogenase 4 catalytic subunit HyfG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (73/47); minor base C (1/0); total (74/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GGCTACAACGAAGTGACCTTCTTATCGGACCGCGTGTGTGGGATTTGCGGTTTTGCCCACAGTGTGGCCTATACCAATTCGGTTGAAAATGCACTGGGGATTGAGGTGCCGCAACGAGCACATACTATTCGCTCGATTCTGCTGGAAGTCGAACGGCTACACAGTCATTTGCTTAACCTTGGCCTCTCCTGCCATTTCGTTGGTTTTGATACCGGCTTTATGCAATTTTTCCGCGTGCGGGAAAAGTCGATGACGATGGCGGAATTGCTGATCGGGTCGCGTAAAACCTACGGTCTGAATCTGATTGGTGGTGTTCGCCGCGATATTCTCAAAGAGCAACGTCTGCAAACGCTGAAACTGGTGCGCGAGATGCGCGCCGACGTGTCGGAGCTGGTAGAGATGCTGCTTGCTACGCCGAATATGGAACAACGCACTCAGGGCATTGGCATTCTCGACCGACAAATCGCCCGTGATTTGCGCTTTGATCACCCCTACGCCGACTACGGCAATATTCCAAAAACACTGTTTACCTTTACCGGCGGCGATGTTTTCTCCCGCGTGATGGTCCGTGTCAAAGAGACGTTTGATTCGC > NC_000913/2609177‑2609768 | ggCTACAACGAAGTGACCTTCTTATCGGACCGCGTGTGTGGGATTTGCGGTTTTGCCCACAGTGTGGCCTATACCAATTCGGTTGAAAATGCACTGGGGATTGAGGTGCCGCAACGAGCACATACTATTCGCTCGATTCTGCTGGAAGTCGAACGGCTACACAGTCATTTGCTTAACCTTGGCCTCTCCTGCCATTTCGTTGGTTTTGATACCGGCTTTATGCAATTTTTCCGCGTGCGGGAAAAGTCGATGACGATGGCGGAATTGCTGATCGGGTCGCGTAAAACCTACGGTCTAAAt > 1:452418/1‑300 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tACGGTCTAAATCTGATTGGTGGTGTTCGCCGCGATATTCTCAAAGAGCAACGTCTGCAAACGCTGAAACTGGTGCGCGAGATGCGCGCCGACGTGTCGGAGCTGGTAGAGATGCTGCTTGCTACGCCGAATATGGAACAACGCACTCAGGGCATTGGCATTCTCGACCGACAAATCGCCCGTGATTTGCGCTTTGATCACCCCTACGCCGACTACGGCAATATTCCAAAAACACTGTTTACCTTTACCGGCGGCGATGTTTTCTCCCGCGTGATGGTCCGTGTCAAAGAGACGTTTGAt < 1:478820/300‑1 (MQ=255) gTCTAAATCTGATTGGTGGTGTTCGCCGCGATATTCTCAAAGAGCAACGTCTGCAAACGCTGAAACTGGTGCGCGAGATGCGCGCCGACGTGTCGGAGCTGGTAGAGATGCTGCTTGCTAAGCCGAATATGGAACNACGCACTCAGGGCATTGGCATTCTCGACCGACAAATCGCCCGTGATTTGCGCTTTGATCACCCCTACGCCGACTACGGCAATATTCCAAAAACACTGTTTACCTTTACCGGCGGCGATGTTTTCTCCCGCGTGATGGTCCGTGTCAAAGAGACGTTTGATTCGc > 2:548930/1‑300 (MQ=255) | GGCTACAACGAAGTGACCTTCTTATCGGACCGCGTGTGTGGGATTTGCGGTTTTGCCCACAGTGTGGCCTATACCAATTCGGTTGAAAATGCACTGGGGATTGAGGTGCCGCAACGAGCACATACTATTCGCTCGATTCTGCTGGAAGTCGAACGGCTACACAGTCATTTGCTTAACCTTGGCCTCTCCTGCCATTTCGTTGGTTTTGATACCGGCTTTATGCAATTTTTCCGCGTGCGGGAAAAGTCGATGACGATGGCGGAATTGCTGATCGGGTCGCGTAAAACCTACGGTCTGAATCTGATTGGTGGTGTTCGCCGCGATATTCTCAAAGAGCAACGTCTGCAAACGCTGAAACTGGTGCGCGAGATGCGCGCCGACGTGTCGGAGCTGGTAGAGATGCTGCTTGCTACGCCGAATATGGAACAACGCACTCAGGGCATTGGCATTCTCGACCGACAAATCGCCCGTGATTTGCGCTTTGATCACCCCTACGCCGACTACGGCAATATTCCAAAAACACTGTTTACCTTTACCGGCGGCGATGTTTTCTCCCGCGTGATGGTCCGTGTCAAAGAGACGTTTGATTCGC > NC_000913/2609177‑2609768 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |