| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 780918 | 69 (0.740) | 8 (0.120) | 6/432 | 5.4 | 15.5% | noncoding (76/76 nt) | lysW | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 781445 = | 36 (0.530) | intergenic (+1/‑132) | lysZ/lysQ | tRNA‑Lys/tRNA‑Lys | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGAC‑GGTGGGTTCGGTGGA‑AGTAG‑TTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC > NC_000913/780649‑781208 | tagtaAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACTACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCTTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACAGATGTTAAg < 2:437286/297‑1 (MQ=255) acgggAAGGATAACGTTGCGTGAGCAACGGCCCGAAGGGCTAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGTAGAACACCTCCCTTACAAGGATGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGAt < 1:577003/296‑1 (MQ=255) gTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCTTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATaa < 1:356028/300‑1 (MQ=255) gTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCATTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGTAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGCATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACCGATGTTAAGCGTGTAGGATa > 2:152411/1‑299 (MQ=255) aaGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCTAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGNTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGt < 1:535515/300‑1 (MQ=255) ggCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACTACCCACCACGGACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACACGGAGGTGGTCGGCGATTCAACCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCNTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAANCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAggg < 2:564730/300‑1 (MQ=18) ggCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGTAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAggg < 1:87765/300‑1 (MQ=255) 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aTCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCTTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGTGAGAGCACCTCCCTTACAAGTAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGTTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTGTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAACTCAGATGt < 1:494816/231‑1 (MQ=14) aTCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAANACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGAcc > 1:157015/1‑300 (MQ=255) aTCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCAc > 1:718402/1‑296 (MQ=255) aTCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCAc < 2:718402/296‑1 (MQ=255) aTCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCAACCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGAACCACCAGTTTTAACAT‑CAAACTCAGATGTTAAGCGTGGAGGGTAACGTTGCGCCAGCAAAGGCCAGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGaac > 2:113170/1‑298 (MQ=14) aTCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTACATTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTC‑AGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGAACCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGCCAGATGTTCAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCGGCGACGGCCAGTAGGGTGAA‑TAAAG‑CGATTCATCCTGCACGAc > 2:99034/1‑299 (MQ=17) 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(MQ=255) cTGCACGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGAC‑GGTGGGTTCGGTGGA‑AGTAG‑TTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCAc > 1:406812/1‑191 (MQ=255) cGACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGAACCACCACTAATGAC‑GGTGGGTTCGGTGGA‑AGTCG‑TTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTACCTTAAAAGGAGGGGGTAGGCGGTTCGATCCCGTAATCACCCACCACTAGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATcc > 1:596231/1‑300 (MQ=255) gACCCACCAGTTTTAACAT‑CGAAGACAGATGTTAAGCGTTTAGGATAACATTGCTTCAGCAACGTCCCTTATTTCCAT‑CGAAG‑CGAGTCATCATGCACGACCCACCACTCTTTAT‑GGGTGTTTCGGGGGAGTGGAGGTGTGGAGAAT‑‑AGAAAAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATcc < 1:699894/299‑1 (MQ=9) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |