| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,301,976 | +T | coding (795/1632 nt) | oppA → | oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,301,976 | 1 | . | T | 99.1% | 357.1 / ‑3.6 | 115 | coding (795/1632 nt) | oppA | oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (49/65); total (49/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
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gTCAACCGCTACCGTAGTGGTTG‑ACATCGACATGACGTATAACAGCACGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCAGGCCGAAATTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGACTATGGTTACACTCCACCGTATAATGATGGCGCAAAATTGAATCAGCAAGAAt > 1:661048/1‑299 (MQ=255) ccGCTACCGTAGTGGTTG‑ACATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTACACTCCACCGTATACTGATGGCGCAAAATTGACTCAGCCAGAATGGttt > 1:457103/1‑299 (MQ=255) cTACCGTAGTGGTTG‑ACATCGCCATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACAAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGGTAATAAAGTGAAAGTGCAGGGCAACATGCACGCCTATGGTTACACTCCACCGTCTACTGATGGCGCAAAATTGACTCAGCCCGAATGATTTggat > 2:208537/1‑298 (MQ=255) cTACCGTAGTGGTTG‑ACATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTCACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGNACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTCATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTAAACTCCCCCGTATACTGATGGCGCAAAATTGACTCAGACAGAATGGTTTGGCt > 2:239262/1‑300 (MQ=255) cTACCGTAGTGGTTG‑ACATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTACACTCCACCGTATACTGATGGCGCAAAATTGACTCAGCCAGAATGGTTTGGCt > 2:660235/1‑300 (MQ=255) cTACCGTAGTGGTTG‑ACATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTACACTCCACCGTATACTGATGGCGCAAAATTGACTCAGCCAGAATGGTTTGGCt > 1:285857/1‑300 (MQ=255) 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TGATCACACATTAGAAGTCACCTTAAGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGT‑G‑AAATCGACATGACGAATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTACACTCCACCGTATACTGATGGCGCAAAATTGACTCAGCCAGAATGGTTTGGCTGGA > NC_000913/1301679‑1302265 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |