| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,773,173 | Δ1 bp | coding (893/1914 nt) | mtlA → | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,773,173 | 0 | G | . | 99.0% | 453.7 / ‑1.6 | 95 | coding (893/1914 nt) | mtlA | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base . (64/30); minor base T (1/0); total (65/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
GGGTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGATGGGCGCAGGCG > NC_000913/3772883‑3773469 | gggTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCACGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCTTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCtt > 2:603431/1‑300 (MQ=255)gggTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCATACATGGTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCAAGAAATCTACTTACCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTAGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCCTCTACGG‑TTTTATCCtt > 2:492712/1‑300 (MQ=255) gTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCTTGc > 1:491167/1‑300 (MQ=255) gTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTACGG‑TTTTATCCTTGc > 1:187826/1‑300 (MQ=255) gTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCCCCGGTTTC‑ATCCTTGc > 2:438816/1‑300 (MQ=255) gTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCAGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTACGG‑TTTTATCCTTGc > 2:614503/1‑300 (MQ=255) gTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTACTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTACGG‑TTTTATCCTTGc > 2:659365/1‑300 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |