| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,329,743 | G→T | D261Y (GAT→TAT) | dacB → | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,329,743 | 0 | G | T | 98.4% | 215.7 / NA | 63 | D261Y (GAT→TAT) | dacB | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (35/27); total (35/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACCGCAACTGTTTCTCCGTCTCGCTCTACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAAGCCGGTGTCGATATTGGAAACACCATTATTGCCGATGGTTCAGGGC > NC_000913/3329470‑3330037 | gACCGCAACTGTTTCTCCGTCTCGCTCTACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCTAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCAcc < 1:5163/300‑1 (MQ=255) 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GACCGCAACTGTTTCTCCGTCTCGCTCTACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAAGCCGGTGTCGATATTGGAAACACCATTATTGCCGATGGTTCAGGGC > NC_000913/3329470‑3330037 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |