| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,145,137 | C→T | T381T (ACC→ACT) | pflD → | putative formate acetyltransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,145,137 | 0 | C | T | 98.2% | 178.5 / ‑3.5 | 54 | T381T (ACC→ACT) | pflD | putative formate acetyltransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (25/28); minor base G (1/0); total (26/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
TCATTAACCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTACCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACGGCTTGCATGACATCGCGATGTTTAATCTGCTGAAAGTGATGGAAATCTGCCTGCATGAAAATGAAGGCAATGCTGCGCTGACTTATGAAGGTTTACTGGAGCAGATCCGCGCCAAGATCAGCCACTACATCACCCTGATGGTTGAGGGC > NC_000913/4144841‑4145431 | tcatTAACCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACTAtt > 1:12887/1‑300 (MQ=255) gggCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACTATTCGCTTCGGTAc < 1:346233/300‑1 (MQ=255) aGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGACTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCTAAACTATTCGCTTCGGTACCGGTAt > 1:113400/1‑300 (MQ=255) gATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACTATTCGCTTCGGTACCGGTAtt > 1:428752/1‑300 (MQ=255) 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ataCCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACTATTCGCTTCGGTACCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAg > 1:351042/1‑273 (MQ=255) ataCCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACTATTCGCTTCGGTACCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAg < 2:350365/273‑1 (MQ=255) ataCCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACTATTCGCTTAGGTACCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAg > 1:350365/1‑273 (MQ=255) 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aaaCTATTCGCTTCTGTACCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTTTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACGGCTTGCATGACATCGCGATGTTTAATCTGCTGAAAGTGATGGAAATCTGCCTGCATGAAAATGAAGGCAATGCTGCGCTGACTTATGAAGGTTTACTGGAGCAGATCCGCGCCAAGATCAGCCACTACATCACCCTGATGGTTGAGGgc < 1:355185/299‑1 (MQ=255) aaaCTATTCGCTTCGGTACCGGTATTCTGCAAATCTTTAACGATGAATTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCTTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACGGCTTGCATGACATCGCGATGTTTAATCTGCTGAAAGTGATGGAAATCTGCCTGCATGAAAATGAAGGCAATGCTGCGCTGACTTATGAAGGTCTACTGGAGCAGATCCGCGCCAAGATCAGCCACTACATCACCCTGATGGTTGAGGgc < 2:390017/299‑1 (MQ=255) | TCATTAACCCAGGGCGAAGATGCGGCGTTCCTGAAAGAACTGCTCGAATCTTTATGGGTGAAATGCAACGACATCGTGCTGTTGCGCTCCACCAGTAGCGCGCGTTATTTCGCCGGTTTCCCGACCGGCTATACCGCACTGCTCGGCGGGTTAACCGAGAACGGACGTAGCGCGGTGAACGTGCTTTCGTTCCTTTGCCTTGACGCCTATCAAAGCGTGCAATTACCGCAACCGAACCTCGGCGTGCGCACTAACGCCTTGATCGACACGCCGTTCCTGATGAAAACCGCCGAAACCATTCGCTTCGGTACCGGTATTCCGCAAATCTTTAACGATGAAGTGGTGGTGCCAGCGTTCCTCAACCGTGGCGTTTCGCTGGAAGATGCGCGCGACTATTCCGTAGTGGGCTGTGTGGAATTATCTATTCCCGGCAGAACCTACGGCTTGCATGACATCGCGATGTTTAATCTGCTGAAAGTGATGGAAATCTGCCTGCATGAAAATGAAGGCAATGCTGCGCTGACTTATGAAGGTTTACTGGAGCAGATCCGCGCCAAGATCAGCCACTACATCACCCTGATGGTTGAGGGC > NC_000913/4144841‑4145431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |