| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,279,276 | C→G | F121L (TTC→TTG) | kbaZ → | putative tagatose‑1,6‑bisphosphate aldolase 1 chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,279,276 | 0 | C | G | 97.6% | 311.0 / NA | 83 | F121L (TTC→TTG) | kbaZ | putative tagatose‑1,6‑bisphosphate aldolase 1 chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (45/36); minor base T (0/2); total (45/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTGCTGGAAGCTGCAATCCGCTACGCCAGTGCAAACCAA‑ACGCCGTTACTGATTGAA‑GCAACCT‑CCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAG‑CATGTCCTGTCAGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGACATCGTGGCTGAACGCGCCGCCCGTCTGGCGAAAGTGGCGGAAGAAACCTGTCTTGAACACTTTGGCGAAGCCGATCTGGAGTATGTCATTGGTACCGAAGTGCCGGTACCTGGCGGCGCGCATGAAACCTTAAGCGAGCTGGCGGTCACCACGCCGGATGCCGCCCGCGCCACGCTGGAAGCCCATCGTCACGCCTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCC > NC_000913/3278998‑3279566 | gTGCTGGAAGCTGCAATCCGCTACGCCAGTGCAAACCAA‑ACGCCGTTACTGATTGAA‑GCAACCT‑CCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTGAAAAAAATCCACCTTGATTgc > 1:52634/1‑300 (MQ=255)gTGCTGGAAGCTGCAATCCGCTACGCCAGTGCAAACCAA‑ACGCCGTTACTGATTGAA‑GCAACCT‑CCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCACGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATATGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTGAAAAAAATCAACCTTGAtt > 2:229978/1‑298 (MQ=255) gCTGGAAGCTGCAATCCGCTACGCCAGTGCAAACCAA‑ACGCCGTTACTGATTGAA‑GCAACCT‑CCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTACAAGCTACGTTGCGGCAGGATTGAAAAAAATCCACCTTGATTgaa > 2:85850/1‑297 (MQ=255) gCTGGAAGCTGCAATCCGCTACGCCAGTGCAAACCAA‑ACGCCGTTACTGATTGAA‑GCAACCT‑CCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATAACGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGGTGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGAGGCCAAACCGCTGGCAACACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCAGATGATCTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTGAAAAAAATCCGCCTTGa > 2:85947/1‑294 (MQ=255) 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cGCTACGCCAGTGCAAACCAA‑ACGCCGTTACTGATTGAA‑GCAACCT‑CCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGGTGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTGAAAAAAATCAACCTTGATTGCAG‑CATGTCCTGTCAGGAc > 2:17966/1‑300 (MQ=255) cGCTACGCCAGTGCAAACCAA‑ACGCCGTTACTGATTGAA‑GCAACCT‑CCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAANGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTGAAAAAAATCCACCTTGATTGCAG‑CATGTCCTGTCAgcac > 1:135527/1‑297 (MQ=255) gccgaGTGCAAACCAANACGCCGTTGCTGATTGAANGCAACCTGCCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGAAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACTTTGCGGCAGGATTTAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGNCATGTCCTGTCAGGAc < 1:563414/295‑1 (MQ=255) 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gATTGAA‑GCAACCT‑CCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAGCATGNCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGCAGGATTGAAAAAAATCCACCTTGATTGCCG‑CATTTCCTGTCAGGACGATCCGATTTCCTTACCTGATGACATCGt > 2:219905/1‑297 (MQ=255) gATTGAA‑GCAACCT‑CCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGNCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTAAGTTGCGGCAGGATTGAAAAAAATCCACCTTGATTGCAG‑CATGTACTGTCAGGACGATCCAATTCCCTTCATTGATGAc > 2:219922/1‑292 (MQ=255) gATTGAA‑GCAACCT‑ACAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGNCGGCCGCTAAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTAAGTTGCGGCAGGATTGAAAAAAATCCCCCTTGATTGCAG‑CATGTCCttt > 2:219934/1‑260 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |