| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/42); new base T (36/25); total (67/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.24e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
ACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGT‑AGTGATTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGAAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGAT‑GCCCTGGC‑AGTCAGAGGCGATGAAG‑GACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGA > NC_000913/4037204‑4037694 | aCTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGT‑AGTGATTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAAc > 2:294242/1‑300 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gCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTACGCGTACACGGNGGAT‑GCACTGGC‑AGTCAGAGGCGATGAAG‑GACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCAAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTAGAAACACCATCATTAACt > 2:213577/1‑300 (MQ=255) cAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGAT‑GCCCTGGC‑AGTCAGAGGCGATGAAG‑GACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCAt < 2:398497/294‑1 (MQ=17) cAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGAT‑GCCCTGGC‑AGTCAGAGGCGATGAAG‑GACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCAt > 1:398497/1‑294 (MQ=17) tCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGTAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGAT‑GNCCTGGC‑AGTCAGAGGCGATGAAG‑GACGTGCTANTCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCAt < 2:521176/300‑1 (MQ=17) gTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGAAATAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGAT‑GCCCTGGC‑AGTCAGAGGCGATGAAG‑GACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGa < 2:242398/300‑1 (MQ=11) gTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGAAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGAT‑GCCCTGGC‑AGTCAGAGGCGATGAAG‑GACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGa < 2:632009/300‑1 (MQ=11) | ACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGC‑GGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGT‑AGTGATTAAATAAAAAATACTTCAGAGTGTACCTGCAAAGGTTCACTGCGAAGTTTTGCTCTTTAAAAATCTGGATCAAGCTGAAAATTGAAACACTGAACAACGAAAGTTGTTCGTGAGTCTCTCAAATTTTCGCAACACGATGATGAATCGAAAGAAACATCTTCGGGTTGTGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGAT‑GCCCTGGC‑AGTCAGAGGCGATGAAG‑GACGTGCTAATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGA > NC_000913/4037204‑4037694 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |