| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,926,595 | 0 | C | A | 27.7% | 141.8 / 13.2 | 83 | E137* (GAG→TAG) | asnC | DNA‑binding transcriptional dual regulator AsnC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/38); new base A (23/0); total (45/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGCCAGATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCTTGTTGATAAGTACATGCTGGAGAGCGTCGATCGAACGGCACATCACTTTTATAAAGATGCTGTAGTGGCCGGTTGTGTAATAGGCTTCAGTGACTTCATCAAGGCTTTCCAGCTTTGCCAGCGCGGAAGGGTAGTCTTTGGCGCTCTTTAATATAATGCCGATAAAGCAGCCTACGTCATAACCGAGCTGCTTCGGGCTGACATCAATACGCGCCCCGGTAATGATCCCCGCCTGCTTCATTTTCTCTACTCGAACGTGAAT > NC_000913/3926304‑3926889 | agccagATCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTAGGTGGAc > 2:544976/1‑299 (MQ=255) tCCCTGAGGCAGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTACAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTAGGTGGACTGAATTtc > 2:335208/1‑300 (MQ=255) aGGTAAATCTTCTAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGtt > 1:555855/1‑300 (MQ=255) ttctAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATCtt > 2:152652/1‑299 (MQ=255) tAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTCGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATTttgtt > 2:63006/1‑299 (MQ=255) tAACAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATAAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTAGGTGGACTGAATTTCATCAATCGTTTGGATAttgtt > 2:62998/1‑299 (MQ=255) cAGCGGACCGTGCAGCGTTTCGGTGGTAAAACCCGCCTCTTCCAGCTTTTCAGCCAGGTGTTCTGCTACATATTCGGCACCGCCGAGGGTGCTGCCGCTGATGAGAGTGATATCTGCCATAAACCGCCACCTTTATTAAGAGTGGCGTATTGTACGCTGTGAACGCGTTGGGATCTACCTGTGGAAAAGTATGGGATTAAAAAAGCCGATCAGGGCTTGATGGTACGCATGATCGGGTTTTGCAGGACGATCAATGTCTAGGTGGACTGAATTTCATCAATTGTTTGGATTTTGTTGATa > 2:592088/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |