| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,480,719 | 0 | G | T | 27.0% | 136.8 / 10.9 | 74 | E528* (GAG→TAG) | ynbC | hydrolase/methyltransferase domain‑containing protein YnbC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/22); new base T (0/20); total (32/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGAGCCTGCCGTAAGCGATATTTTGTTACGTGATTACAGCGAGTTAAATGTTGCACAGGGGCAAGAGATGATTGCTCAACGGGGAATGTCTGGGCGGGTGCGTTTTGAACAGGGCGATGCGTTTAACCCGGAGGAACTCAGCGCGTTAACTCCGCGGCCTACGCTGGCGATTGTCTCTGGCCTGTATGAGCTTTTTCCCGAAAATGAGCAGGTAAAAAACTCACTCGCAGGTCTTGCCAATGCCATCGAACCGGGCGGCATTCTCATCTACACCGGGCAGCCGTGGCACCCTCAACTGGAGATGATTGCCGGGGTGTTAACCAGTCATAAAGATGGTAAACCGTGGGTAATGCGCGTGCGTTCGCAAGGGGAGATGGATTCACTCGTGCGTGATGCCGGATTTGATAAATGCACACAACGGATTGATGAGTGGGGTATTTTTACGGTTTCGATGGCGGTGCGTCGTGATAACTGAACGTCGGAACGTATTGCTACAAGGCGCTGGCTGGTTATTGTTGCTGGCCCCGTTTTTCTTCTTCACCTATGGATCTCTTAATCAGTTCACCGCGGTTCAGGACCTTAACAGCCATGATATCC > NC_000913/1480420‑1481017 | aCGAGCCTGCCGTAAGCGATATTTTGTTACGTGATTACAGCGAGTTAAATGGTGCACAGGGGCAAGAGATGATTGCTCAACGGGGAATGTCTGGGCGGGTGCGTTTTGAACAGGGCGATGCGTTTAACCCGGAGGAACTCAGCGCGTTAACTCCGCGGCCTACGCTGGCGATTGTCTCTGGCCTGTATGAGCTTTTTCCCGAAAATGAGCAGGTAAAAAACTCACTCGCAGGTCTTGCCAATGCCATCGAACCGGGCGGCATTCTCATCTACACCGGGCAGCCGTGGCACCCTCAACTgg < 2:432740/300‑1 (MQ=255) aGCCTGCCGTAAGCGATATTTTGTTACGTGATTACAGCGAGTTAAATGTTGCACAGGGGCAAGGGATGATTGCTCAACGGGGAATGTCTGGGCGGGTGCGTTTTGAACAGGGCGATGCGTTTAACCCGGAGGAACTCAGCGCGTTAACTCCGCGGCCTACGCTGGCGATTGTCTCTGGCCTGTATAAGCTTTTTCCCGAAAATGAGCAGGTAAAAAACTCACTCGCAGGTCTTGCCAATGCCATCGAACCGGGCGGCATTCTCATCTACACCGGGCAGCCGTGGCACCATCAACTGgaga > 1:127544/1‑300 (MQ=255) aGCCTGCCGTAAGCGATATTTTGTTACGTGATTACAGCGAGTTAAATGTTGCACAGGGGCAAGAGATGATTGCTCAACGGGGAATGTCTGGGCGGGTGCGTTTTGAACAGGGCGATGCGTTTAACCCGGAGGAACTCAGCGCGTTAACTCCGCGGCCTACGCTGGCGATTGTCTCTGGCCTGTATGAGCTTTTTCCCGAAAATGAGCAGGTAAAAAACTCACTCGCAGGTCTTGCCAATGCCATCGAACCGGGCGGCATTCTCATCTACACCGGGCAGCCGTGGCACCCTCAACTGgaga > 1:127630/1‑300 (MQ=255) gCGATATTTTGTTACGTGAGTACAGCGAGTTAAATGTTGCACAGGGGCAAGAGATGATTGCTCAACGTGGAATGTCTGGGCGGGTGCGGTTTGAACAGGGCGATGCGTTTAACCCGGAGGAACTCAGCGCGTTAACTCCGCGGCCTACGCTGGCGATTGTCTCTGGCCTGTATGAGCTTTTTCCCGAAAATGAGCAGGTAAAAAACTCACTCGCAGGTCTTGCCAATGCCATCGAACCGGGCGGCATTCTCATCTACACCGGGCAGCCGTTGCACCCTCAACTGTAGATGATTGCCgggg < 2:58710/300‑1 (MQ=255) 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tttGTTACGTGATTACAGCGAGTTAAATGTTGCACAGGGGCAAGAGATGATTGCTCAACGGGGAATGTCTGGGCGGGTGCGTTTTGAACAGGGCGATGCGTTTAACCCGGAGGAACTCAGCGCGTTAACTCCGCGGCCTACGCTGTCGATTGTCTCTGGCCTGTATGAGCTTTTTCCCGAAAATGAGCAGGTAAAAAACTCACTCGCAGGTCTTGCCAATGCCATCGAACCGGGCGGCATTCTCATCTACACCGGGCAGCCGTGGCACCCTCAACTGTAGATGATTGCCGGGGTGTTAAc < 2:115328/300‑1 (MQ=255) tttttgcgtaatgaCAGCGAGTTAAATGTTGCACAGGGGCAATAGATGATTACTCAACGGGGAATGTCTGGGCGGGTGCGTTTTGAACAGGGCGATGCGTTCAACCCGGAGGAACTCAGCGCGTTAACTCCGCGGCCTACGCTGGCGATTGTCTCTGGCCTGTATGAGCTTTTTCCCGAAAATGAGCAGGTAAAAAACTCACTCGCAGGTCTTGCCAATGCCATCGAACCGGGCGGCATTCTCATCTACACCGGGCAGCCGTGGCACCCTCAACTGGAGATGATTGCCGGGGTGTTAAcc < 2:51596/287‑1 (MQ=255) ttGTTACGTGATTACAGCGAGTTAAATGTTGCACAGGGGCAAGAGATGATTGCTCAACGGGGAATGTCTGGGCGGGTGCGTTTTGAACAGGGCGATGCGTTTAACCCGGAGGAACTCAGCGCGTTAACTCCGCGGCCTACGCTGGCGATTGTCTCTGGCCTGTATGAGCTTTTTCCCGAAAATGAGCAGGTAAAAAACTCACTCGCAGGTCTTGCCAATGCCATCGAACCGGGCGGCATTCTCATCTACACCGGGCAGCCGTGGCACCCTCAACTGTAGATGATTGCCGGGGTGTTAAcc < 1:169755/300‑1 (MQ=255) 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aTTACAGCGAGTTAAATGTTGCACAGGGGCAAGAGATGATTGCTCAACGGGGAATGTCTGGGCGGGTGCGTTTTGAACAGGGCGATGCGTTTAACCCGGAGGAACTCAGCGCGTTAACTCCGCGGCCTACGCTGGCGATTGTCTCTGGCCTGTATGAGCTTTTTCCCGAAAATGAGAAGGTAAAAAACTCACTCGCAGGTCTTGCCAATGCCATCGAACCGGGCGGCATTCTCATCTACACCGGGCAGCCGTGGCACCCTCAACTGTAGATGATTGCCGGGGTGTTAACCAGTCATAAAg < 1:407246/300‑1 (MQ=255) aGTTAAATGTTGCACAGGGGCAAGAGATGATTGCTCAACTGGGAATGTCTGGGCGGGTGCGTTTTGAACAGGGCGATGCGTTTAACCCGGAGGAACTCAGCGCGTTAACTCCGCGGCCTACGCTGGCGATTGTCTCTGGCCTGTATGAGCTTTTTCCCGAAAATGAGCAGGTAAAAAACTCACTCGCAGGTCTTGCCAATGCCATCGAACCGGGCGGCATTCTCATCTACACCGGGCAGCCGTGGCACCCTCAACTGGAGATGATTGCCGGGGTGTTAACCAGTCATAAAGATGGTAAAc < 1:473716/300‑1 (MQ=255) aGTTAAATGTTGCACAGGGGCAAGAGATGATTGCTCAACGGGGAATGTCTGGGCGGGTGCGTTTTGAACAGGGCGATGNGTTTAACCCGGAGGAACTCAGCGCGTTAACTCCGCGGCCTACGCTGGCGATTGTCTCTGGCCTGTATGAGCTTTTTCCCGAAAATGAGCAGGTAAAAAACTCACTCGCAGGTCTTGCCAATGCCATCGAACCGGGCGGCATTCTCATCTACACCGGGCAGCCGTGGCACCCTCAACTGGAGATGATTGCCGGGGTGTTAACCAGTCATAAAGATGGTAAAc < 1:148814/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |