| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,427,992 | 0 | G | T | 32.2% | 181.5 / 13.8 | 121 | P245P (CCC→CCA) | insH5 | IS5 family transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/36); new base T (0/39); total (46/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CAGCCTATTTAGGCTATTTTTTCCACCATTTCTGGCGTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGA‑‑CGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTA‑‑TTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCG‑‑GCGATCA‑‑GCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGA > NC_000913/1427696‑1428290 | cAGCCTATTTAGGCTATTTTTTCCACCATTTCTGGCGTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTACCACTGA‑‑CGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGACAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTA‑‑TTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCAGGGa > 2:351068/1‑300 (MQ=255) 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ttttttCCACCATTTCTGGCGTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGA‑‑CGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTA‑‑TTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCG‑‑GCGATCA‑‑Gc < 2:265446/299‑1 (MQ=255) accaTTTCTTGTGTTATTTCCGGTGTTTACTGAGATCTCTCCCACTGA‑‑CGTATCATTTGGTCCACCCTAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTA‑‑TTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACACTCG‑‑GCGATCA‑‑GCCAGTCca < 2:56194/298‑1 (MQ=255) attccttgCGTTATTGCCGGTTTGTACTGAGATATCTCCCACTTA‑‑CGTATCATTTGGGCCACCCTGAACAGGCTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCTTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTA‑‑TTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCG‑‑GCGATCA‑‑GCCAGTCcacagc < 2:147060/292‑3 (MQ=17) 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aTGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGAGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCG‑‑GCGATCA‑‑GCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGCCCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGCCACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCt > 2:588337/1‑295 (MQ=255) aTGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGAGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCG‑‑GCGATCA‑‑GCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTATCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCAAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGc > 2:588923/1‑300 (MQ=255) gTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCG‑‑GCGATAA‑‑GCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTACATGAAGCAGATTACCCAGCTGCTTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGTATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCAt > 2:449172/1‑300 (MQ=255) gATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCG‑‑GCGATCA‑‑GCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCAtct > 1:415091/1‑299 (MQ=40) gTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCTGGACGCTCG‑‑GCGATCA‑‑GCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGAt < 1:182520/298‑1 (MQ=255) gTTTTGTCCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCTGGACGCTCG‑‑GCGATCA‑‑GCCAGTCCACATCCACCTCGTCCAGCTCCTCGCGCTGTTGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGTTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGAt < 2:55333/298‑1 (MQ=255) ttCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCG‑‑GCGATCA‑‑GCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAANCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTc < 2:227251/300‑1 (MQ=38) ttCTGCTTCAAGGTTTTNACCTTGCCGGGACGCTCG‑‑NCGATCA‑‑GCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCNTTGCTGCTCTTTGTTc < 1:578867/300‑1 (MQ=38) gCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCG‑‑GCGATCA‑‑GCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCtt > 2:422888/1‑298 (MQ=37) gggACGCTCG‑‑GCGATCA‑‑GCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAatga < 1:351068/299‑1 (MQ=35) | CAGCCTATTTAGGCTATTTTTTCCACCATTTCTGGCGTTATTTCCGGTTTTTACTGAGATCTCTCCCACTGA‑‑CGTATCATTTGGTCCACCCGAAACAGGTTGGCCAGGGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAGCCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGCCGCTTGATGATGCGAAACGGGTGCTCCACCCTGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTA‑‑TTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGCGGATTCTGCTTCAAGGTTTTTACCTTGCCGGGACGCTCG‑‑GCGATCA‑‑GCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCTCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGAAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTAGAGCTGGGTGCCTCAATGA > NC_000913/1427696‑1428290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |