| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2357652 | 83 (1.080) | 5 (0.070) +GCGGCAGGAAGGACG |
5/558 | 5.8 | 5.9% | coding (749/900 nt) | rpnE | inactive recombination‑promoting nuclease‑like protein RpnE |
| ? | NC_000913 | 2357851 = | 85 (1.110) | intergenic (+48/+191) | rpnE/yfaU | inactive recombination‑promoting nuclease‑like protein RpnE/2‑keto‑3‑deoxy‑L‑rhamnonate aldolase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCC > NC_000913/2357558‑2358137 | tGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTTAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAAtt < 2:39709/300‑1 (MQ=255) cggcgATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAAtt > 1:477369/1‑298 (MQ=255) gcgATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCAATTAAAATTGCTTTGCGCATGATGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTAACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTACAAGGAGAGATTAATGAATATTGCTGAATGGCTGCGGCGGGAAGGACATCAAATtggct > 2:88709/1‑300 (MQ=255) gATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTATCATTAATAGGAAAGATTAATGACTATTGCTGAACGGTTGCGGCAGGAAGGACATCAAATtggct > 1:22974/1‑298 (MQ=255) cGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTATCATTAAAAGGAGAGATTAGTGACTATTGATGAACGGCTGCGGTAGGAAGGAAATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGt > 2:581750/1‑300 (MQ=255) gTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCACATTGGCTGGCAGGAAGGTa > 1:264199/1‑300 (MQ=255) gTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTa > 1:662237/1‑300 (MQ=255) gTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAAGTAGa > 2:74256/1‑298 (MQ=255) agaTTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAAc < 2:620328/300‑1 (MQ=255) gCCGAACGTTCACCACTACAAAAGTAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGcc < 1:237015/300‑1 (MQ=255) gTTCACCACTACAAAANGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGATCGTTATCTCTTATCCACACCCACACACCCCAACGACTCTGATACCTCTAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAAAGGCTGCGGAAGGAAGGAAATCAAATTGGCTGGCAGGAANGTAAATTAGAAGGTTTGCNTGAACAAGACAtt > 1:572410/1‑296 (MQ=19) gTTCACCACTACAAAANGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAANGTAAATTAGAAGGTTTGCNTGAACAAGCCATTaaaa > 1:572096/1‑300 (MQ=255) cTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCttt > 1:166366/1‑299 (MQ=255) 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gaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGTATCAAATCGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGTGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTTACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGTAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc < 1:284987/300‑1 (MQ=255) gaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAATAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc < 1:646103/300‑1 (MQ=255) gaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc < 1:547592/300‑1 (MQ=255) gaTTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCANTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAAc < 1:491404/300‑1 (MQ=255) ttAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAg < 2:591277/300‑1 (MQ=255) cTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACNCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCttt > 2:502382/1‑299 (MQ=255) tATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGa < 2:460841/300‑1 (MQ=255) ttGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTTGCGACAACCCAACTAACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGCACGGCTGCGGCGGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGATAAATTAGAAGGTTTGCACGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACCGGGCTTTGATc > 2:613978/1‑300 (MQ=255) ttGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATc > 2:649087/1‑300 (MQ=255) tGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGGTTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCg < 2:572096/300‑1 (MQ=255) gCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTc > 2:249758/1‑298 (MQ=255) ggCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCAccc < 1:381327/300‑1 (MQ=255) 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ggcAGGAAGTTAGGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTTAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTTATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGTAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGTAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGcc < 2:328471/299‑1 (MQ=255) gcAGGAAGGTATGCATNAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGNCCAGGTGCTCGCGGCCACNCAGCTAAGCGAAGCCGa > 1:578881/1‑300 (MQ=255) ggAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCt > 1:475255/1‑300 (MQ=255) 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TGCGGCGATACCTCCCGTTTCACCCGTTTTATTGAGGAGATTGCCGAACGTTCACCACTACAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTACGGCAGGAAGGGCATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTATGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAGCAGGGCTTTGAACGTGAGATTGTGCTGGCGACAACCCAACTCACTGATGCTGATATTCCGAACTGTCATTAAAAGGAGAGATTAATGACTATTGCTGAACGGCTGCGGCAGGAAGGACATCAAATTGGCTGGCAGGAAGGTAAATTAGAAGGTTTGCATGAACAAGCCATTAAAATTGCTTTGCGCATGCTGGAACAGGGCTTTGATCGTGACCAGGTGCTCGCGGCCACCCAGCTAAGCGAAGCCGATCTGGCAGCGAATAACCACTAATTAACACAGGCCCACAGCCGATCCCCATGGGCCTTTGATATCAATAACTACCTTTTATGCGTGGCCCATTTTTGCCTGATTTAAACATCGCCAGTCGTTGATCCAGGGCATCGCTGTAGAGCATCGTGTCAACGCC > NC_000913/2357558‑2358137 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |