| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 4,124,494 | IS2 (+) +5 bp | intergenic (‑38/+114) | cytR ← / ← priA | DNA‑binding transcriptional repressor CytR/primosomal protein N' |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3187426 | NA (NA) | 108 (1.410) | 68/588 | 0.0 | 100% | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 4124494 = | 0 (0.000) | intergenic (‑38/+118) | cytR/priA | DNA‑binding transcriptional repressor CytR/primosomal protein N' | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 4124498 | 0 (0.000) | 70 (0.910) | 43/586 | 0.4 | 100% | intergenic (‑42/+114) | cytR/priA | DNA‑binding transcriptional repressor CytR/primosomal protein N' |
| ? | NC_000913 | 4498181 = | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
AACACGCCAGTTCGCCCGGATGTTGGGACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGG‑CT‑TGTAATGGGTTAAGT‑GAT‑AACAGAT‑GTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAAC‑GTTAACCTTTCCC‑AATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGT‑TTGCGTGACACCAGAGCAATTAACATTATTAGGATTTACTGATGAATTTATTGAAAAAACTCAGCAAAACCTGATCGATGGTT > NC_000913/3187130‑3187721 | aaCACGCCAGTTCGCCCGGATGTTTGGACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGATTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCGTAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGG‑CT‑TGTAATGGGTTAAGT‑GAT‑AACAGAT‑GTCTGGAAATATAGGGGTAAATCCAGtt < 2:438942/300‑1 (MQ=2) tCGCCCTGATGTTGGGACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCTTGAAAACGATAAAACGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAAACGGGTTAAAGGCAGCAAAGAACCTTGCATAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGTTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGG‑CT‑TGTAATGGGTTAAGT‑GAT‑AACAGAT‑GTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTatcatc < 2:67332/295‑1 (MQ=255) gCCCGGATGTTGGGACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCATAGGCGTTCGAGCNTTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGG‑CT‑TGTAATGGGTTAAGT‑GAT‑AACAGAT‑GTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATCATCATTGGt < 2:480670/299‑1 (MQ=21) gggACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGG‑CT‑TGTAATGGGTTAAGT‑GAT‑AACAGAT‑GTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCt < 1:126293/300‑1 (MQ=39) 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1:570203/1‑299 (MQ=255) ccctcaaaatacagcatccaaTCCAGTTATCACCATCTCTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTCGAATCCAACACAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAAC‑GTTAACCTTTCCC‑AATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGT‑TTGCGTGAAACCAGAGCAATTAACATTATTAGGATTTACTGATGAATTTATTGAAAAAACtaa > 2:415585/20‑298 (MQ=255) atatAGGGGCAAATCCAGTTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCTAAGCCGAAGATCGTGAAAAC‑GTTAACCTTTCCC‑AATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGATGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGT‑TTGCGTGACACCAGAGCAATTAACATTATTAGGATTTACTGATGAATTTATTGAAAAAACTCAGCAAAAcc < 2:667188/300‑1 (MQ=255) atatAGGGGCAAATCCAGTTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAAC‑GTTAACCTTTCCC‑AATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGT‑TTGCGTGACACCAGAGCAATTAACATTATTAGGATTTACTGATGAATTTATTGAAAAAACTCAGCAAAAcc < 1:209230/300‑1 (MQ=255) ggCAAATCCAGTTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAATAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAAC‑GTTAACCTTTCCC‑AATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGT‑TTGCGTGACACCAGAGCAATTAACATTATTAGGATTTACTGATGAATTTATTGAAAAAACTCAGCAAAAAATGATCGa > 2:580274/1‑300 (MQ=255) aTCCAGTTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAAC‑GTTAACCTTTCCC‑AATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGT‑TTGCGTGACACCAGAGCAATTAACATTATTAGGATTTACTGATGAATTTATTGAAAAAACTCAGCAAAACCTGATCGATGgtt > 1:56305/1‑300 (MQ=255) aTCCAGTTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAAC‑GTTAACCTTTCCC‑AATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGT‑TTGCGTGACAACAGAGCAATTAACATTATTAGGATTTACTGATGAATTTATTGAAAAAACTCAGCAAAACCTGATCGATGgtt > 1:56220/1‑300 (MQ=255) | AACACGCCAGTTCGCCCGGATGTTGGGACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGG‑CT‑TGTAATGGGTTAAGT‑GAT‑AACAGAT‑GTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTATCATCATTGGTTGTGCGTCAGCTTATGCCGTTGAATTCAACAAAGATTTAATCGAAGCCGAAGATCGTGAAAAC‑GTTAACCTTTCCC‑AATTTGAAACTGATGGCCAATTACCCGTCGGCAAATATTCACTAAGCACTCTGATTAATAATAAGAGGACGCCAATCCACCTTGACCTCCAATGGGTATTAATTGATAACCAAACTGCAGT‑TTGCGTGACACCAGAGCAATTAACATTATTAGGATTTACTGATGAATTTATTGAAAAAACTCAGCAAAACCTGATCGATGGTT > NC_000913/3187130‑3187721 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |