| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,332,310 | C→T | G321G (GGG→GGA) | basS ← | sensor histidine kinase BasS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,332,310 | 0 | C | T | 98.7% | 245.0 / NA | 78 | G321G (GGG→GGA) | basS | sensor histidine kinase BasS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (33/43); minor base G (0/1); total (34/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAACTCTTAAGGTTCACTTAATCTCTGACGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGTGCAATGAAAAACCGTGTTTATGAAAGTTTAACTACCGTGTTCAGCGTGCTGGTGGTCAGCAGCTTTCTTTATATCTGGTTTGCCACGTACTGATCTTTCTTCAGCCGTACCCAGGCCCGCGTGCCGGAAGTCTCTTGCCGGTTTTGCAGGAAAAACTGCCCGTGATGCAACTGTGTAATGCGGCTGACAATACTTAA‑CCCCAGACCAATCCCGCCATAACGGCTGTCCATACGTACAAACGCTTTACTCAACTCCCCGCATTTACTCTCATCAAT‑ACCTGGTCCTTCATCTTCAACTGCCATGACCGCTCCGTCATCTTCTTGCAGCTTAATCATAATGTTGCTGCCTTGCGGGCTGTAACGATGGGCGTTTTCTACCAGGTTTCGCAATAACATCCGCAGCAGGGTTGCATCACCCTGAACGGTGATGTCGGCGGCGCTCTCTGGCAATAGCAGGGTTTGCTGTCGCTGGTCGAGCATGGTACTGAGTTC > NC_000913/4332017‑4332603 | ggCCTGATGTGACGCTGTCTTATCAGGCCAATTGAAATCTTAAGGTTCACTTAATCTATGAAGCGCATACTCTCCTCCAGGTTAACGGAGGAGAGTGCAATGAAAAACCGTGTTTATGAAAGTTTAACTAACGTGTTCAGCGTGCTGGTGGTCAGCAGCTTTCTTTATATCTGGTTTGCCACGTACTGATCTTTCTTCAGCCGTACCCAGGCCCGCGTGCCGGAAGTTTATTGCCGGTTTTGCAGGAAAAACTGCCAGTGATGCAACTGTGTAATGCGGCTGACAATACTTAATCCCCaa > 2:285986/1‑299 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |