| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,179,383 | G→A | K423K (AAG→AAA) | tolC → | outer membrane channel TolC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,179,383 | 0 | G | A | 97.8% | 307.9 / NA | 91 | K423K (AAG→AAA) | tolC | outer membrane channel TolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (36/53); minor base C (1/1); total (37/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACAGGCACAGTACAACTTTGTCGGTGCCAGCGAGCAACTGGAAAGTGCCCATCGTAGCGTCGTGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAGTCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACGGGGCTTCGGCCCCGTCTGAACGTAAGGCAACGTAAAGATACGGGTTATCTGCCGCATTCTTCCCC > NC_000913/3179088‑3179672 | aaCAGGCACAGTACAACTTTGTCGGTGCCAGCGAGCAACTGGAAAGTGCCCATCGTAGCGTCGTGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTCGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCAGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCa > 2:364153/1‑299 (MQ=255)aaCAGGCACAGTACAACTTTGTCGGTGCCAGCGAGCAACTGGAAAGTGCCCATCGTAGCGTCGTGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCa > 1:534406/1‑299 (MQ=255) aGGCACAGTACAACTTTGTCGGTGCCAGCGAGCAACTGGAAAGTGCCCATCGTAGCGTCGTGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGctc < 1:541917/300‑1 (MQ=255) gggggggggtttGTAGGTGCAAGCGAGCAACTGGAAAGTGCCCATCGTAGCGTCGTGTAGACCGTGCGTTCCTACTTAAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGATCAAAGATCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCTGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGAACACCACGTTGTACAACACCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTCTAACTACCTGATTACTCCGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGt > 2:266855/10‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |