| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,791,179 | 0 | G | T | 29.7% | 175.6 / 11.2 | 101 | P56Q (CCG→CAG) | tdh | threonine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/31); new base T (0/30); total (40/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
ATGCACGGCGTTACCGAAGGGATCAAAAATTGCGGCTAAGTCATCGGAAATATTGTCGGGGATTTTGAAGGCGTTGAATGCCGGGATCACCAGATATTCGGCAAAGCAGCCCGGGCGATTAACACCAACGCCTATCGTGTTGCGGCACAAATGGGTACGACCACCACGACAGTTGCGGCAATGACCACAGGTGATATGGCCTTCGCCAGAAACGCGATCGCCGATCTTGAAGCCTTTCACTTCCTGACCAATACCTACCACTTCACCGACATATTCATGGCCCACGACCATCGGCACCGGGATGGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTATAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATCAGCAGATCGTTATGCCCGAGTTCCGGTACAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATCTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATACGCGTAAATGCTTCTACTGCACGCGTAATTTGCTCAGGGGTATGCGCCGCAGACATCTGGGTACGAATACGCGCCTGACCTTTCGGAA > NC_000913/3790881‑3791473 | aTGCACGGCGTTACCGAAGGGATCAAAAATTGCGGCTAAGTCATCGGAAATATTGTATGGGATTTTGAAGGCGTTGAANGCCGGGATCACCAGATATTCGGCAAAGCAGCCCGGGCGATTAACACCAACGCCTATCGTGTTGCGGCACAAATGGGTACGACCACCACGACAGTTGCGGCAATGACCACAGGTGATATGGCCTTCGCCAGAAACGCGATCGCCGATCTTGAAGCCTTTCACTTCCTGACCAATACCTACCACTTCACCGACATATTCATGGCCCACGACCATCGGCACCgg < 1:133581/300‑1 (MQ=255) 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ggCACCGGGATGGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTATAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATCAGCAGATCGTTATGCCCGAGTTCCGGTACAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATCTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATACGCGTAAATGCTTCTACTGCACGCGTAATTTGCGCAGGGGTATGCGCCGCAGACATCTGGGTACGAATACGCGCCTGACCTTTCGGa < 1:394815/300‑1 (MQ=255) gCACCGGGATGGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTATAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATCAGCAGATCGTTATGCCCGAGTTCCGGTACAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATCTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATACGCGTAAATGCTTCTACTGCACGCGTAATTTGCTCAGGGGTATGCGCCGCAGACATCTGGGTACGAATACGCGCCTGACCTTTCGGaa > 1:227547/1‑300 (MQ=255) gCACCGGGATGGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTATAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATCAGCAGATCGTTATGCCCGAGTTCCGGTACAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATCTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATACGCGTAAATGCTTCTACTGCACGCGTAATTTGCTCAGGGGTATGCGCAGCAGACATCTGGGTACGAATACGCGCCTGACCTTTCGGaa > 1:227569/1‑300 (MQ=255) | ATGCACGGCGTTACCGAAGGGATCAAAAATTGCGGCTAAGTCATCGGAAATATTGTCGGGGATTTTGAAGGCGTTGAATGCCGGGATCACCAGATATTCGGCAAAGCAGCCCGGGCGATTAACACCAACGCCTATCGTGTTGCGGCACAAATGGGTACGACCACCACGACAGTTGCGGCAATGACCACAGGTGATATGGCCTTCGCCAGAAACGCGATCGCCGATCTTGAAGCCTTTCACTTCCTGACCAATACCTACCACTTCACCGACATATTCATGGCCCACGACCATCGGCACCGGGATGGTTTTTTGCGACCACTCATCCCAGTTATAGATGTGAACGTCAGTCCCGCAGATGGCTGTTTTACGGATTTTAATCAGCAGATCGTTATGCCCGAGTTCCGGTACAGGAACGTCGGTCATCCAGATGCCCTCTTCCGCTTTCAGTTTGGATAACGCTTTCATCTCACATCCTCAGGCGATAACGCCCAGTTGTTTACCAATACGCGTAAATGCTTCTACTGCACGCGTAATTTGCTCAGGGGTATGCGCCGCAGACATCTGGGTACGAATACGCGCCTGACCTTTCGGAA > NC_000913/3790881‑3791473 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |