| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 12,152 | 0 | G | T | 31.4% | 191.7 / 13.0 | 124 | intergenic (‑366/‑11) | yaaI/dnaK | DUF2541 domain‑containing protein YaaI/chaperone protein DnaK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/45); new base T (0/39); total (40/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.60e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GATTCAGGCACGTAATCTTTTCTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTTGCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCAAAAT > NC_000913/11853‑12440 | gattcatgcctttgcctttttcttttTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAGAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTTGCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGATCGAATATATAGTgg < 2:583509/283‑1 (MQ=255) 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gaCCGAATATATATTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTATCGATTATGGATGACACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACACCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTACCATTTCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGctgtctcttatacacatctcgcag < 2:477812/300‑24 (MQ=255) aaTATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAATTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCAATCCTCGCATGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTCCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTCAACGTCAGGCAGTGACGAACACGCAAAAAACTCTGTTTGCGATTCAACGACTGATTAGTCGCCGCTTACGGGACGAAGCAGTCAAGTATGATGTTTCCCTCATGCCGTTCCAAat > 2:186699/1‑300 (MQ=255) tatataGTGTAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAATTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTTCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAATGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGAc < 2:371874/257‑1 (MQ=255) | GATTCAGGCACGTAATCTTTTCTTTTTATTACAATTTTTTGATGAATGCCTTGGCTGCGATTCATTCTTTATATGAATAAAATTGCTGTCAATTTTACGTCTTGTCCTGCCATATCGCGAAATTTCTGCGCAAAAGCACAAAAAATTTTTGCATCTCCCCCTTGATGACGTGGTTTACGACCCCATTTAGTAGTCAACCGCAGTGAGTGAGTCTGCAAAAAAATGAAATTGGGCAGTTGAAACCAGACGTTTCGCCCCTATTACAGACTCACAACCACATGATGACCGAATATATAGTGGAGACGTTTAGATGGGTAAAATAATTGGTATCGACCTGGGTACTACCAACTCTTGTGTAGCGATTATGGATGGCACCACTCCTCGCGTGCTGGAGAACGCCGAAGGCGATCGCACCACGCCTTCTATCATTGCCTATACCCAGGATGGTGAAACTCTAGTTGGTCAGCCGGCTAAACGTCAGGCAGTGACGAACCCGCAAAACACTCTGTTTGCGATTAAACGCCTGATTGGTCGCCGCTTCCAGGACGAAGAAGTACAGCGTGATGTTTCCATCATGCCGTTCAAAAT > NC_000913/11853‑12440 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |