| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 2,406,176 | IS3 (–) +3 bp :: +TCA | coding (464‑466/939 nt) | lrhA ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 315229 = | NA (NA) | 108 (1.190) +TCA |
68/582 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1255 nt) | IS3 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 2406176 = | 0 (0.000) | coding (466/939 nt) | lrhA | DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 2171428 | NA (NA) | 71 (0.780) | 50/584 | 0.4 | 100% | noncoding (1258/1258 nt) | IS3 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 2406178 | 0 (0.000) | coding (464/939 nt) | lrhA | DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA | |||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TCTACTCCACTCAGCACACGCAGGTCCGGGCTCATCATCTCAACCGGCCTTGCCGTCACGCCAAGACCGGCTTTCACTGCCGCACGAACGGCCGGAAGCGTCGAGGCGACATAAGCCAGTCGCCATGGAATATCTGCTTTATTAAGCGTCGCCAGCACCATATCGCGAAACGGGCTAGGATCATCCAGCAATACAAGAGGGATCGGCTCGCCTTTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCATCAAATCCACTTCCTGGGATTCCAGCATTTCTGCCATATAGGCATTACGTTTAACGCGGACATCCAGCGCTAATTTCGGATAAACCGAACTCACGCGATTTAACAGGAAAGGTAAGATCGTATCGGCAGATTCATCTGAAGCACCGATAGTTAATACGCCCTGAAGATTACTGAACATTAATGATGAGCAGGCCTCATCATTAAAACGCAGGATTTTCCTGGCGTAACCAAGAAGTTGAATGCCATGTTCAGTTAACAGTTTGTTGCGACCGTGACGAGCGAACAGTT > NC_000913/2405881‑2406475 | agcttgcgttttagacgtgcaacctctttagacatctccatttcacgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcaccagttgtagagtttggattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaatgcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgggagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGggt < 2:67298‑M2/4‑1 (MQ=255)agctggcgtttgagacgtgcaatctcggtagacatctccagttcacgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGggt < 1:442211‑M2/4‑1 (MQ=255) ggcgttttagacgtgcaatctcggtagacatctccagttcacgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGGGTGGTTa < 2:450060‑M2/9‑1 (MQ=255) ggcgtttgagacgtgcaatctcggtagacatctccagttcacgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGGGTGGTTa < 1:451927‑M2/9‑1 (MQ=255) gtttgagacgtgcaatctcggtagacatctccagttcacgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatnctgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGGGTGGTTACCa > 2:554876‑M2/289‑300 (MQ=255) aCTCAGCACACGCAGGNCCGGGCTCATCATCTCAACCGGCCTTGCCGTCACGCCAAGACCGGCTTTCACTGCCGCACGAACGGCCGGAAGCGTCGAGGCGACATAAGCCAGTCGCCATGGAATATCTGCTTTATTAAGCGTCGCCAGCACCATATCGCGAAACGGGCTAGGATCATCCAGCAATACAAGAGGGATCGGCTCGCCTTTTTGCAATATGTATTGCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCANTGCCTTAAACGCTGAAGGNCGATGGGtgatcctacc < 1:612543‑M2/300‑11 (MQ=255) aCTCAGCACACGCAGGNCCGGGCTCATCATCTCAACCGGCCTTGCCGTCACGCCAAGACCGGCTTTCACTGCCGCACGAACGGCCGGAAGCGTCGAGGCGACATAAGCCAGTCGCCATGGAATATCTGCTTTATTAAGCGTCGCCAGCACCATATCGCGAAACGGGCTAGGATCATCCAGCAATACAAGAGGGATCGGCTCGCCTTTTTGCAATATGTATTGCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCANTGCCTTAAACGCTGAAGGNCGATGGGtgatcctaac < 1:612577‑M2/300‑11 (MQ=255) 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tcatcTCAACCGGCCTTGCCGTCACGCCAAGACCGGCTTTCACTGCCGCACGAACGGCCGGAAGCGTCGAGGCGACATAAGCCAGTCGCCATGGAATATCTGCTTTATTAAGCGTCGCCAGCACCATATCGCGAAACGGGCTAGGATCATCCAGCAATACAAGAGGGATCGGCTCGCCTTTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagc > 1:131958‑M2/1‑264 (MQ=255) gttcacgttcagaagacgtctgctgattttgctgtttactgcgccagttgtagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGggt < 2:410162‑M2/4‑1 (MQ=255) tcacgttcagaatacgtctgctgactttgctgtttactgcgccagttgtagagttttgattcatacatgctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagtgcttcactgcgaaattcaggcaaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtgtttgtcatgtgagtcacctctgactgagactttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGGGTGGTTACCATCAGATCCACTTCCTGGGATTCCAGCATTTCTg < 2:205623‑M2/45‑1 (MQ=255) 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ggCTTTCACTGCCGCACGAACGGCCGGAAGCGTCGAGGCGACATAAGCCAGTCGCCATGGAATATCTGCTTTATTAAGCGTCGCCAGCACCATATCGCGAAACGGGCTAGGATCATCCAGCAATACAAGAGGGATCGGCTCGCCTTTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttctggactgagg > 1:617262‑M2/1‑230 (MQ=255) tCACTGCCGCACGAACGGCCGGAAGCGTCGAGGCGACATAAGCCAGTCGCCATGGAATATCTGCTTTATTAAGCGTCGCCAGCACCATATCGCGAAACGGGCTAGGATCATCCAGCAATACAAGAGGGATCGGCTCGCCTTTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGtgatcctacccacgtaatatggaaacaggcctaagcggggttcttgttttcaaattgttccggactgaggccgcc < 2:207410‑M2/300‑76 (MQ=255) actgcgccagttttagagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGGGTGGTTACCATCAAATCCACTTCCTGGGATTCCAGCATTTCTGCCATATAGGCATTACGTTTAACGCGGACATCCAgcgc < 1:688004‑M2/82‑1 (MQ=255) 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cGGCCGGAAGCGTCGAGGCGACATAAGCCAGTCGCCATGGAATATCTGCTTTATTAAGCGTCGCCAGCACCATATCGCGAAACGGGCTAGGATCATCCAGCAATACAAGAGGGATCGGCTCGCCTTTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgttccggactgaggccgccacaccaactgtgc < 2:585121‑M2/298‑89 (MQ=255) gagttgtgattcatacaggctgagttcacgggctgcggcagtaacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGGGTGGTTACCATCAAATCCACTTCCTGGGATTCCAGCATTTCTGCCATATAGGCATTACGTTTAACGCGGACATCCAGCGCTAATTTCGGATAAAc > 1:197768‑M2/204‑300 (MQ=255) tgattcatacatgctganttcacgggctgcggcagtnacaccgatgcgttcagcaagcttcagggcttcactgcgaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaGGGTGGTTACCATCAAATCCACTTCCTGGGATTCCAGCATTTCTGCCATATAGGCATTACGTTTAACGCGGACATCCAGCGCTAATNTCGGATAAACCGAACt < 1:594200‑M2/103‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |