| Predicted mutation | ||||||
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| JC JC | NC_000913 | 884,776 | IS2 (+) +5 bp | coding (1104‑1108/1233 nt) | mdfA → | multidrug efflux pump MdfA/Na(+):H(+) antiporter/K(+):H(+) antiporter |
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| ? | NC_000913 | 884776 = | 0 (0.000) | coding (1104/1233 nt) | mdfA | multidrug efflux pump MdfA/Na(+):H(+) antiporter/K(+):H(+) antiporter | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 884780 | 0 (0.000) | 75 (0.820) | 50/588 | 0.4 | 100% | coding (1108/1233 nt) | mdfA | multidrug efflux pump MdfA/Na(+):H(+) antiporter/K(+):H(+) antiporter |
| ? | NC_000913 | = 1469240 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
GGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGCTGGCGCAGGAGCCACATAGA > NC_000913/884483‑885061 | cgccagttcgcccggatgttgggacttgaaccgaaaaacacggcggtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtagtgggttaagtgataacagatgtctggcaatataggggcaaatccaCAAACAt > 1:197593‑M2/294‑300 (MQ=255) aaCTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACtagac < 1:360812‑M1/300‑6 (MQ=255) gcccggatgttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatccaCAAACATGCCTGGCt > 1:549242‑M2/285‑299 (MQ=255) gttgggacttgaaccgaagaacacggcggtgcggagtccggagagtaacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtatcatgcccaaaccagacgggttaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgagcattataacgaatggcatccgcatagtgcgctgggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatataggggcaaatccaCAAACATGCCTGGCTGAAc > 2:417436‑M2/277‑295 (MQ=255) 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ataacaaatgtctgtaaatataggtgcaaatccaCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTTTCAACTGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGGAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGc < 2:197667‑M2/266‑1 (MQ=255) tCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatcgcaattgttcagcagagctttgaaccggggatgacggtctccctcgttgcccggcaacatggtgtagcagccagccagttatttctctggcgtacgcaataccaggaaggaagtcttact > 2:172521‑M1/1‑30 (MQ=255) atgcaggtgcaaatccaCAAACATGCCTTGCTGAACTGGGTCAACTGACTGGTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTNTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTTTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTTGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGCTGGCGCAGGAGCCACAt < 2:215674‑M2/283‑1 (MQ=255) ttGGTATTGAAATCAGCAAACtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatcgcaattgttcagcagagctttgaaccggggatgacggtctccctcgttgcccggcaacatggtgtagcagccagccagttatttctctggcgtaagcaataccaggaaggaagtcttactgctgtcgccgc > 1:484482‑M1/1‑21 (MQ=255) gTATTGAAATCAGCAAACtagactggccccctgaatctccagacaaccaatatcacttaaataagtgatagtcttaatactagtttttagactagtcattggagaacagatgattgatgtcttagggccggagaaacgcagacggcgtaccacacaggaaaagatcgcaattgttcagcagagctttgaaccggggatgacggtctccctcgttgcccggcaacatggtgtagcagccagccagttatttctatggcgtaagcaataacaggaaggaagtattactgctgtcgacgcc > 2:137884‑M1/1‑18 (MQ=255) ccaCAAACATGCCTGGCTGAACGGAGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCAAGAAGGGTAAAAAAATGCATGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTATTCGATAACCATCCCTTCAACTACGCTGGCAAGGTGGCAAACATAAGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGCTGGCGCAGGAGCAAAATAGa > 2:151460‑M2/4‑289 (MQ=255) | GGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACGTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATCTCATCGCACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGACTGTTTAATCTCTTCAACCTTGTCAACGGAATTTTGTGGCTGTCGCTGATGGTTATCTTTTTAAAAGATAAACAGATGGGAAATTCTCACGAAGGGTAAAAAAATGCCTGACTGCTTTGTGCGATCAGGCATTCTCGAATTAATGGTGATGGTCGTCAATCTGGTGTTCGATAACCATCCCTTCACCTACGCTGGCAAGATGGCGAACATAAGGATGCGGGCGGTAAGCCGGAGCTGGCGCAGGAGCCACATAGA > NC_000913/884483‑885061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |