| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 275149 | NA (NA) | 137 (1.500) | 78/588 | 0.0 | 100% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 577188 = | 0 (0.000) | intergenic (‑363/‑210) | nmpC/essD | putative outer membrane porin NmpC/putative phage lysis protein | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GTGATTATTTCAAGATGTAAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTACTGGTTTTTACAGCTGCTAGATA > NC_000913/576895‑577485 | gccatcgctcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTgg < 1:704960‑M2/7‑1 (MQ=255) tcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagcctttgggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTGGTTtacgta < 1:7692‑M2/15‑1 (MQ=255) tcaggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTGGTTtacgta < 1:6358‑M2/15‑1 (MQ=255) ggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTGGTTTacgtacgt > 1:114027‑M2/283‑300 (MQ=255) ggttgtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTGGTTTacgtacgt > 2:686362‑M2/283‑300 (MQ=255) gtaccaatgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattacccgccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgcaatggcagaatctattcaatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctaatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTGGTTTACGTACGTaaaa > 2:378021‑M2/279‑300 (MQ=255) atgctgtatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgcaggccattaacagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTCGTGGTTTACGTACGTAAAAAAtt > 2:135896‑M2/273‑298 (MQ=255) atgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAAtt > 1:413779‑M2/273‑298 (MQ=255) atgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAAtt > 2:580876‑M2/273‑298 (MQ=255) atgctgcatgcagtgaatgcgtagcatggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctaatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAAtt > 1:248822‑M2/273‑298 (MQ=255) 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ttccTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTACTGGTTTTTACAGCTGCTAGa > 1:657743‑M2/5‑300 (MQ=255) ccTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCAGGGTACTGGTTTTTACAGCTGCTAGATa > 2:149712‑M2/3‑300 (MQ=255) ccTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTAAGCAGGTAGTGCCGGGTACTGGTTTTTACAGCTGCTAGATa > 1:95216‑M2/3‑300 (MQ=255) | GTGATTATTTCAAGATGTAAGTTTTGGTTTCTCGTTTGATTTGTGAAGTAGATCTCTATTTTTATCTGAACTTTTTTCTATCGAATCCTATTCATGGCTCTTGGCTGAATAAAAATAAATCTATTAGCCAATTTATATTAACGGCTGTTATTTATAAGTGCTCTATAATTTGAAGGTTCAATTTAAACCGGCTAAAAATAACACTGGAAATTATTTTTTGGTTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCCGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCATGGATAAGTTAACAACGGGTGTCGCCTATGGCACCTCAGCAGGTAGTGCCGGGTACTGGTTTTTACAGCTGCTAGATA > NC_000913/576895‑577485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |