| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,396,373 | C→T | T103T (ACC→ACT) | amiB → | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,396,373 | 0 | C | T | 98.6% | 242.4 / NA | 70 | T103T (ACC→ACT) | amiB | N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (42/26); minor base G (0/1); total (43/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTG‑GTGGTCGATCTTACCGAAAACGGTAAAACCGAAGCGGTGAAGCGGCAGAATGGCAGCAATTACACTGTCGTCTTTACGATTAACGCCGATGTGCCGCCACCGCCTCCTCCGCCGCCCGTGGTTGCGAAACGCGTTGAAACGCCTGCGGTTGTCGCACCGCGCGTCAGCGAACCGGCGCGCAATCCGTTTAAAACGGAAAGTAACCGCACTACGGGTGTTATCAGCAGTAATACGGTA‑ACGCGTCC‑GGCAGCGCGCGCGACGGC‑TAACACTGGCGATAAAATTATCATCGCTATTGATGCC > NC_000913/4396091‑4396658 | ggtAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTG‑GTGGTCGATCTTACTGAAAACGGTAAAACCGa > 1:96032/1‑300 (MQ=255) tAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTG‑GTGGTCGATCTTACTGAAAACGGTAAAACCGaa > 2:720934/1‑299 (MQ=255) aCGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTG‑GTGGTCGATCTTACTGAAAACGGTAAAACCGAAGCGGt > 2:250038/1‑299 (MQ=255) gctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTGATTCAGGGACTGCCGTTGTTGTTCAGCGGCAATAATCTGGTGAAGGCGATTCGCTCTGGAACGCCTAAAGATGCACAAACGCTACGGCTG‑GTGGTCGATCTTACTGAAAACGGTAAAACCGAAGCGGTGAAGc > 1:424051/1‑299 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |