| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,990,480 | 0 | C | A | 31.6% | 178.0 / 18.2 | 117 | intergenic (‑120/‑788) | yqeK/ygeG | protein YqeK/TPR repeat‑containing putative chaperone YgeG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/43); new base A (37/0); total (74/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
ATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCATTAAGGAATTTTTTTAACGGAATCCTTGGTTTCTTTTTCGAGTCCGAATTTACAATATCATGCATATAGACCATTTCATGAATCTGCGAAAATTCAATGTCCATTGTATACCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTCAGCAAGCAATAT > NC_000913/2990184‑2990779 | aTTGACAGAATTAACATTCACATACCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCATTAAGGAATTTTTTTAACGGAATCCTTGGTTTCTTTTTCGAGTCCGAATTTACAATATCATGCATATAGACCATTTCATGAATCTGCGAAAATTCAATGTCCATTGTATACCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCac < 1:405839/300‑2 (MQ=255) 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aCGTAACGTCTACATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTATTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTc > 1:717495/1‑299 (MQ=255) ccATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTCAGCAAGCAatat > 1:41349/1‑300 (MQ=255) ccATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATAATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAAAGATAATTCAGCAAGCAatat > 1:42039/1‑300 (MQ=255) | ATTGACAGAATTAACATTCACATATCTTGAATTTAATGTCCATGATGTTGTTTGCGTGAGAACATTCTCAGCATTAAGGAATTTTTTTAACGGAATCCTTGGTTTCTTTTTCGAGTCCGAATTTACAATATCATGCATATAGACCATTTCATGAATCTGCGAAAATTCAATGTCCATTGTATACCTCACATTTTTACCGTGACTCGATGTTACTGTTCAATAATCACCTTCCATCAATACTAAAATTAATACCCCTAATGTGCCGATAACAAATATAGTCATTCTACGTAACGTCTCCATAAGGTGATATTTGACATTATCAGAAGCTGCGAATTCGGATTTTGCTCTAATCAAATGAGAGAAATGTAAAATGAAGCCACGAAATATTAATAATAGCCTACCACTGCAACCATTAGTTCCTGATCAGGAGAACAAAAATAAGAAAAATGAAGAGAAATCCGTTAATCCAGTTAAAATCACAATGGGGTCTGGTTTAAATTATATTGAACAAGAATCTCTTGGAGGAAAATATCTAACACATGATTTGTCAATAAAGATAGCGGATATTTCTGAAGAGATAATTCAGCAAGCAATAT > NC_000913/2990184‑2990779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |