| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2288919 = | NA (NA) | 25 (0.270) | 16/590 | 3.9 | 19.5% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 4497970 = | 103 (1.110) | intergenic (+1481/‑302) | leuX/insC6 | tRNA‑Leu/IS2 insertion element repressor InsA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
ATACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGCAGGGGGGATTATCAGAATCCGCGGTTATTCATTATTTATATACATTCAATAAAAAAGTAACCTCATAAAAAATCCTGTACTCACAGGGTGATGCGGGATAACTGACGTAAGGAGTGCTGCAGGGATTTGATGGTCCCTTGTAGACTGGCCCCCTGAATCTCCAGACAACCAATATCACTTAAATAAGTGATAGTCTTAATACTAGTTTTTAGACTAGTCATTGGAG > NC_000913/4497672‑4498266 | aTACAAAAGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAAAAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATTAATTAAAACAGTAATCATCCAGGGCGAATGCCCGGGGATTATTCt > 2:577/1‑300 (MQ=255) aaGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTCTCAGTCCACTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAACACAGTAATCATCCCGGGCAAAGGCACGGGAATTCTTCTAGGa > 2:244667/1‑298 (MQ=255) aaGTAGAGGTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACCGTAATCATCCAGGGCAAATGCACGGGAATTATTCTAGGatt > 2:244988/1‑300 (MQ=255) ggTTTGTGGTCATGGCTTTCGAACAATGGCCTGTAGTTCATTGGTCGAATCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCt > 2:678529/1‑300 (MQ=255) 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tCAGGTCTGTGGTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGTAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGGGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGc < 2:703255/300‑1 (MQ=255) tCAGATCTTTGGTCTCTTGATGCTTTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATGTAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGTGCCGATTTTCTGAATGTAAACAGAGAAAGGTTTGTTAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAACCATCCCGGGCAAATGCCCTGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGc < 2:701683/300‑1 (MQ=255) tgtgTTCTCGTGATGCTGTTGAACGTCAGATGAGCCACATGGCGCGAAATTCAGTGAGGGCCGCGTATATCCATAAAGCAGAGCATCTGGAAGAACGGCGATTGATGCTACAGTGGTGTGCCGATTTTCTGGATGTAAACAGAGAAAGGTTTATCAGTCCATTTGAATATGCAAAGATTAATAATCCATTAAAACAGTAATCATCCCGGGCAAATGCCCGGGAATTATTCTAGGATTATTTTCTTTGTTAAAAAAGACAAACGGTATTAACTGATGTATTTACTATTTACCGCTCCCTGc < 2:503045/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |