| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,469,241 | Δ111,694 bp | IS2‑mediated | ydbA–[ydeN] | 97 genes ydbA, insI2, ydbA, pdxI, ydbD, ynbA, ynbB, ynbC, ynbD, azoR, hrpA, ydcF, aldA, cybB, rydC, ydcA, yncP, hokB, mokB, sokB, trg, ydcI, ydcJ, opgD, ydcH, rimL, ydcK, tehA, tehB, ydcL, insQ, ydcO, sutR, rlhA, yncJ, hicA, hicB, ydcR, ydcS, ydcT, ydcU, ydcV, patD, yncL, ortT, ydcY, ydcZ, mnaT, curA, mcbR, yncD, yncE, ansP, yncG, yncH, ydcD, yncO, ydcC, pptA, yddH, nhoA, yddE, narV, narW, narY, narZ, narU, yddK, yddL, yddG, fdnG, fdnH, fdnI, yddM, adhP, maeA, sra, bdm, osmC, ddpF, ddpD, ddpC, ddpB, ddpA, ddpX, dosP, dosC, yddY, digH, gadC, gadB, pqqL, yddB, yddA, yneP, ydeM, [ydeN] |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1468079–1469243 | 1580934 | 111692–112856 | 31 [30] | [0] 95 | [insD2]–[ydeN] | [insD2],insC2,ydbA,insI2,ydbA,pdxI,ydbD,ynbA,ynbB,ynbC,ynbD,azoR,hrpA,ydcF,aldA,cybB,rydC,ydcA,yncP,hokB,mokB,sokB,trg,ydcI,ydcJ,opgD,ydcH,rimL,ydcK,tehA,tehB,ydcL,insQ,ydcO,sutR,rlhA,yncJ,hicA,hicB,ydcR,ydcS,ydcT,ydcU,ydcV,patD,yncL,ortT,ydcY,ydcZ,mnaT,curA,mcbR,yncD,yncE,ansP,yncG,yncH,ydcD,yncO,ydcC,pptA,yddH,nhoA,yddE,narV,narW,narY,narZ,narU,yddK,yddL,yddG,fdnG,fdnH,fdnI,yddM,adhP,maeA,sra,bdm,osmC,ddpF,ddpD,ddpC,ddpB,ddpA,ddpX,dosP,dosC,yddY,digH,gadC,gadB,pqqL,yddB,yddA,yneP,ydeM,[ydeN] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1469240 | NA (NA) | 95 (1.020) | 53/590 | 0.3 | 100% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1580935 = | 0 (0.000) | coding (1590/1683 nt) | ydeN | putative sulfatase YdeN | |||||
GCCAGACGCTGCGATATATTGTTTGATGAACTCTTTCAGAGTGCTGTCATCCATCCATTTTTCATGAGTAAACTGCGACTCTTTTTCAAGGTAAAAACAGTAATCACATTTGAGATTACATTGAAAACTGGAGGGCTTGGCTGTAACGTGCATCGCTATCTCGCTCAATAAGGCGGCGGAAAAATCCGCCGCATGAAGGTTTAGTTATTTCGCTTCGCTTAGTGCTTTCTTGATATTGTTAAACTTCTCCTGATTTACCTCGCTAAGCGGTGGCTGGCTGCTGTCGATAAACTCTCTTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAGAGAATTGGCTTAAGTCCTCAGTGTTGGGGTTATGCGGGTAATCGTCTGACTGATGGCGAACAAATTTGTGGTAATTATCCCAGAATGGAATATTTTCCTCGTCAAACCAGTGAGAATAAGAGGTTATCCAGGTCAGATTTTTATGTGGCTC > NC_000913/1580638‑1581231 | ggaacaacctgttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctgnctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAc < 1:509247‑M2/3‑1 (MQ=255)ggaacaacctgttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAc < 1:422539‑M2/3‑1 (MQ=255)ggaacaacctgttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAc > 2:308205‑M2/298‑300 (MQ=255) gaacaacctgttctccgtcggcggcagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataacgggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaattgatattggttgtctgtagattcagggggccagtctaTAcc < 2:109972‑M2/4‑1 (MQ=255) gaacaacctgttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccatagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgaggtagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAcc < 1:191834‑M2/4‑1 (MQ=255) gaacaacctgttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagagataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAcc < 1:191310‑M2/4‑1 (MQ=255) gaacaacctgttctccggcggcgacagcagtaagacttcctgcctggtattgcttacgccagagaaataacttgctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaattgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTAcc < 2:313796‑M2/4‑1 (MQ=255) gaacaacctgttccccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccatagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgaggtagaccttcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctcctgccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccggtctaTAcc < 2:503647‑M2/4‑1 (MQ=255) aacctgttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGc < 1:635943‑M2/8‑1 (MQ=255) gttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctacggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggcaagtctaTACCACGCCTTGc > 2:192012‑M2/288‑300 (MQ=255) 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tgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACAACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATc > 2:426788‑M2/247‑300 (MQ=255) gcttacgccagagaaataactggctggctgctagaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCt > 1:383048‑M2/246‑300 (MQ=255) gcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCt > 1:627226‑M2/246‑300 (MQ=255) cgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCttttt > 1:639691‑M2/241‑299 (MQ=255) gccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgtgcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtataTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGc < 1:207294‑M2/61‑1 (MQ=255) ctgctacaccatgttgccgtgcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTa > 1:205246‑M2/219‑299 (MQ=255) ctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaggctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcaattatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTATTTAACGACCCGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTa > 1:239203‑M2/219‑299 (MQ=255) ctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCTGTCAGTTTGTa > 2:261484‑M2/219‑299 (MQ=255) ctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGt > 2:624335‑M2/219‑298 (MQ=255) tgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctcttctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTag < 1:69932‑M2/82‑1 (MQ=255) tgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctcctgccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTag < 2:393023‑M2/82‑1 (MQ=255) tgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTag < 1:69457‑M2/82‑1 (MQ=255) gctacaccatgttgccgtgcaacgaggtagaccttcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaattgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTagag < 2:182493‑M2/84‑1 (MQ=255) acaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCNTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGAcc > 1:135322‑M2/214‑300 (MQ=255) acaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGAcc > 1:191410‑M2/214‑300 (MQ=255) ggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTATTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGtttt > 2:680855‑M2/200‑300 (MQ=255) ccacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggcactaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTATTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCt > 1:280629‑M2/198‑300 (MQ=255) acgattgagaccgtcatccctggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtttggtacgccgtcggcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgacnagtctaaaacctagtatgaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCGTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCGAAc < 2:215460‑M2/91‑1 (MQ=255) 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ctaTACCACGCCTTGCATCTATTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAAATGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAGAGAATTGGCTTAAGTCCTCAGTGTTGGGGTTATGCGGGTAATCGTCTGACTGATGGCGAACAAATTTGTGGTAATTATCCCAGAATGGAATATTTTCCTCGTCAAACCAGTGAGAATAAGAGGTTATCCAGGTCAGATTTTTCTGTGGCTc > 1:295462‑M2/4‑300 (MQ=255) | GCCAGACGCTGCGATATATTGTTTGATGAACTCTTTCAGAGTGCTGTCATCCATCCATTTTTCATGAGTAAACTGCGACTCTTTTTCAAGGTAAAAACAGTAATCACATTTGAGATTACATTGAAAACTGGAGGGCTTGGCTGTAACGTGCATCGCTATCTCGCTCAATAAGGCGGCGGAAAAATCCGCCGCATGAAGGTTTAGTTATTTCGCTTCGCTTAGTGCTTTCTTGATATTGTTAAACTTCTCCTGATTTACCTCGCTAAGCGGTGGCTGGCTGCTGTCGATAAACTCTCTTACCACGCCTTGCATCTCTTTAACGACCTGCGGATTGGCGGCGGCAAGGTTATCTTTTTGCTGTAGATCCGTCAGTTTGTAGAGACCTAACTGATTGTTTTCTACTGTATAGACAAGCGAATAATCGTTATTTCTCACCGTATAAGAGAATTGGCTTAAGTCCTCAGTGTTGGGGTTATGCGGGTAATCGTCTGACTGATGGCGAACAAATTTGTGGTAATTATCCCAGAATGGAATATTTTCCTCGTCAAACCAGTGAGAATAAGAGGTTATCCAGGTCAGATTTTTATGTGGCTC > NC_000913/1580638‑1581231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |