| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 382590 | NA (NA) | 22 (0.240) | 15/590 | 4.1 | 17.6% | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 572729 = | 103 (1.110) | coding (264/456 nt) | ybcN | DNA base‑flipping protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CATCTAGCGTTTGACCTCTGCGGAGGGGAAGCGTGAACCTCTCACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGTGATATCACCACTATCCAGTCGTTACGCCATACCTCCGATCTTGATACCGGAGAGATGTATGTCTTCCTGTGTAAGGTTGAAGCCTGGGCGATGAATATTGGTTGCCACCTGACTATTCCACAGAGCTGCGAGTTCCAGCTGCTGCGCGACAAGCAGGAGGCGTAATGGCTACACCGCTTATTCGTGTCATGAACGGACACATCTACAGAGTACCAAATCGTCGTAAGCGTAAACCTGAGCTGAAGCCATCCGAAATACCAACACTGC > NC_000913/572434‑573023 | cATCTAGCGTTTGACCTCTGCGGAGGGGAAGCGTGAACCTCTCACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCaaa > 1:713543/1‑299 (MQ=255) gCGTTTGACCTCTGCGGAGGGGAAGCGTGAACCTCTCACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTAGGTTATGAAACCAAAgtagact > 1:717033/1‑294 (MQ=255) gTTTGACCTCTGCGGAGGGGAAGCGTGAACCTCTCACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGtt < 1:244937/300‑1 (MQ=255) ccTCTGCGGAGGGGAAGCGTGAACCTCTCACAAGGCGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCACAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTAATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTAAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACATGGTTGATGt > 2:107370/1‑299 (MQ=255) ctGCGGAGGGGAAGCGTGAACCTCTCACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTa > 1:437486/1‑300 (MQ=255) ctGCGGAGGGGAAGCGTGAACCTCTCACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCAAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTa > 1:435583/1‑300 (MQ=255) ctGCGGAGGGGAAGCGTGAACCTCTCACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTACCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTNGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGt > 1:532132/1‑299 (MQ=255) ggAGGGGAAGCGTGAACCTCTCACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTAAcc < 2:84729/299‑1 (MQ=255) ggggAAGCGTGAACCTCTCACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTAGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGt > 1:567635/1‑299 (MQ=255) gggAAGCGTGAACCTCTCACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGGTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGTGa < 2:253288/300‑1 (MQ=255) 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aaCCTCTCACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATACTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGTGACATcaccac < 2:352736/299‑1 (MQ=255) tctcACGAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATACACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGTGATATCACCACTATcc < 2:76242/300‑1 (MQ=255) tctcACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGTGATATCACCACTATcc < 1:560792/300‑1 (MQ=255) 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atccacAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGTGATATCACCACTATCCAGTCGTTACGCCATACCTCCGATCTTGATACCGGAGAGATGTATGTCTTCCTGTGTAAGGTTGAAGCCTGGGCGATGAATATTGGTTGCCACCTGACTATTCCACAGAGCTGCGAGTTCCAGCTGCTGCGCGACAAGCAGGAGGCGTAATGGCTACACCGCTTATTCGTGTCATGAACGGACACATCTACAGAGTACCAAATCGTCGTAAGCGTAAACCTGAGCTGAAGCCATCCGAAATACCAACACTGc > 1:179060/6‑300 (MQ=255) ccAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGTGATATCACCACTATCCAGTCGTTACGCCATACCTCCGATCTTGATACCGGAGAGATGTATGTCTTCCTGTGTAAGGTTGAAGCCTGGGCGATGAATATTGGTTGCCAACTGACTATTCCACAGAGTTGCGAGTTTCAGCTGCTGCGCGAAAAGCAGGAGGCGTAATGGCTACACCGCTTATTCGTGTCATGAACAGCCACATCTACAGAGTACCAAATCGTCGTAAGCGTAAACCTGAGc > 2:240880/1‑269 (MQ=255) ccAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGTGATATCACCACTATCCAGTCGCTACGCCATACCTCCGATCTTGATACCGGAGAGATGTATGTCTTCCTGTGTAAGGTTGAAGCCTGGGCGATGAATATTGGTTGCCACCTGACTATTCCACAGAGCTGCGAGTTCCAGCTGCTGCGCGACAAGCAGGAGGCGTAATGGCTACACCGCTTATTCGTGTCATGAACGGACACATCTACAGAGTACCAAATCGTCGTACGCGTAACCCTGAGCTGa > 2:241207/1‑272 (MQ=255) | CATCTAGCGTTTGACCTCTGCGGAGGGGAAGCGTGAACCTCTCACAAGACGGCATCAAATTACATCGCGGCAACTTCACCGCTATCGGTCGGCAGATCCAGCCTTATCTGGAGGAGGGCAAATGCTTTCGCATGGTGCTTAAACCGTGGCGTGAGAAACGCAGTCTTTCCCAGAATGCACTCAGCCACATGTGGTACAGCGAAATCAGTGAATACCTCATCAGCAGGGGTAAAACGTTCGCCACTCCAGCTTGGGTAAAAGATGCTCTCAAACACACATATCTCGGTTATGAAACCAAAGACCTGGTTGATGTCGTAACCGGTGATATCACCACTATCCAGTCGTTACGCCATACCTCCGATCTTGATACCGGAGAGATGTATGTCTTCCTGTGTAAGGTTGAAGCCTGGGCGATGAATATTGGTTGCCACCTGACTATTCCACAGAGCTGCGAGTTCCAGCTGCTGCGCGACAAGCAGGAGGCGTAATGGCTACACCGCTTATTCGTGTCATGAACGGACACATCTACAGAGTACCAAATCGTCGTAAGCGTAAACCTGAGCTGAAGCCATCCGAAATACCAACACTGC > NC_000913/572434‑573023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |