| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3960103 | 171 (1.840) | 21 (0.230) | 13/590 | 4.6 | 10.9% | intergenic (‑290/‑574) | ppiC/rep | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C/ATP‑dependent DNA helicase Rep |
| ? | NC_000913 | 4498181 = | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
TTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTGGTCGCGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATGCATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCACGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTCAGGAGGAATGCGGCCATCGTAATACGTCGTGCTGAACGGTCCATTTTGGCTAACAG > NC_000913/3959805‑3960399 | ttttTCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATAccc < 1:669428/300‑1 (MQ=255)ttttGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATAccc < 1:540600/300‑1 (MQ=255)ttttGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATAccc < 2:661595/300‑1 (MQ=255)ttttGCCATGATCGCGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTGTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCNCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTATCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGACGACCGCCCTCTGCATGTCTGCAACCAACTCATGCGGCAAACATTGATTAAGATAccc < 2:531218/300‑1 (MQ=255) 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tGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTGGTCGCGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATGCATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCACGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTCAGGAGGAATGCGGCCATCGTAATACGTCGTGCTGAACGGTCCAtttt < 1:483890/300‑1 (MQ=255) gATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTGGTCGCGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATGCATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCACGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTCAGGAGGAATGCGGCCATCGTAATACGTCGTGCTGAACGGTCCAtttt > 2:384152/1‑299 (MQ=255) ttAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTGGTCGCGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATGCATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCACGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTCAGGAGGAATGCGGCCATCGTAATACGTCGTGCTGAACGGTCCATTTTGGc > 1:454021/1‑300 (MQ=255) 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TTTTGCCATGATCGTGCCTTGAGTGAATAATTGTCAGGCGGCGATTTTAGCATGATCCGCAGATGCTAACGTAATTGTCAGTCAGGGAGTGGCTGGTACATATATGGCAAAAGCCCGGAAAATCCGGGCTTCGCAGGTCCCTCAAGGGGAGAAAACTTAGGGCCTCTATGGGCTACAAAGTCATTATCGGGGATGGTTATTTTATTGTCAATTTATGAGCGATATGGCATTGATTGACTTGATGACCGCCCTCTGTATGTCTGCAACCAACTCATGTGGCAAACATTGATTAAGATACCCTCTGTAAGTCCTTGCTCTGTTTAATCTGTTTCGACTGACTTGTTGTACCAGGTCGGCTTTGGCCCAACGAATCTGCTGATCAAAGAATTGCAGGTCATTGATAACATTACTGGCTATTTCAACATGCATTCCACGTTTTAACTTGTCTGGTCGCGAGTGGTTGATAATGGAACGACGATGCATGCGTTGCCATTAATTTTTCCGTTGAGCACGACAACTAACCTGTTTTTTATCATTTCAGGAGGAATGCGGCCATCGTAATACGTCGTGCTGAACGGTCCATTTTGGCTAACAG > NC_000913/3959805‑3960399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |