| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,699,793 | G→A | G147R (GGG→AGG) | malX → | PTS enzyme IIBC component MalX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,699,793 | 0 | G | A | 99.2% | 432.2 / ‑4.3 | 126 | G147R (GGG→AGG) | malX | PTS enzyme IIBC component MalX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (66/59); total (67/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TAACCCTGATCCCGGTCCTGGGCAACCCCGTGTTGCAGGCTATCTTTACCTGGATGAGTAAGATTGGCTCGTTTGCTTTTAGTTTCCTGCCTGTCATGTTCTGTATCGCCATCCCGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCATGGGTATTAGCGGCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGACCGATGCTGTTTGGTACCGGTGAACGTCTGCTGTTGCCGTTTGGTCTGCATCACATTCTGGTGGC > NC_000913/1699497‑1700088 | cccTGATCCCGGTCCTGGGCAACCCCGTGTTGCAGGCTATCTTTACCTGGATGAGTAAGATTGGCTCGTTTGCTTTTAGTTTCCTGCCTGTCATGTTCTGTATCGCCATCCCGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATcc > 2:846431/1‑300 (MQ=255) ccTGATCCCGGTCCTGGGCAACCCCGTGTTGCAGGCTATCTTTACCTGGATGAGTAAGATTGGCTCGTTTGCTTTTAGTTTCCTGCCTGTCATGTTCTGTATCGCCATCCCGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTAGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCAAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATCCt > 2:396060/1‑300 (MQ=255) ccTGATCCAGGTCCTGGGCAACCCCGTGTTGCAGGCTATCTTTACCTGGATGAGTAAGATTGGCTCGTTTGCTTTTAGTTTCCTGCCTGTCATGTTCTGTATCGCCATCCCGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATCCt > 2:394581/1‑300 (MQ=255) gATCCCGGTCCTGGGCAACCCCGTGTTGCAGGCTATCTTTACCTGGATGAGTAAGATTGGCTCGTTTGCTTTTAGTTTCCTGCCTGTCATGTTCTGTATCGCCATCCCGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCCAANCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATCCTc > 1:623075/1‑298 (MQ=255) tCCCGGTCCTGGGCAACCCCGTGTTGCAGGCTATCTTTACCTGGATGAGTAAGATTGGCTCGTTTGCTTTTAGTTTCCTGCCTGTCATGTTCTGTATCGCCATCCCGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATCCTcggt > 1:151857/1‑299 (MQ=255) gTCCTGGGCAACCCCGTGTTGCAGGCTATCTTTACCTGGATGAGTAAGATTGGCTCGTTTGCTTTTAGTTTCCTGCCTGTCATGTTCTGTATCGCCATCCCGGTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCAAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATCCTcggtgcggt > 2:760586/1‑299 (MQ=255) tCCTGGGCAACCCCGTGTTGCAGGCTATCTTTACCTGGATGAGTAAGATTGGCTCGTTTGCTTTTAGTTTCCTGCCTGTCATGTTCTGTATCGCCATCCCGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATCCTCGGTGCGGTGa < 1:268145/300‑1 (MQ=255) 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tATCTCTACCTGGATGAGTAAGATTGGCTCGTTTGCTTTTAGTTTCCTGCCTGTCATGTTCGGTATCGCCATCCCGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTGGACCAATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGAtgc < 2:853495/299‑1 (MQ=255) tccttACCTGGCTGATTAAGATTGGCTCGTTTGCTTTTAGTTTCCTGCCTGTCATGTTCTGTATCGCCATCCCGCTGGGCCTTGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAAGAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGAt < 2:394811/292‑1 (MQ=255) aCCTGGATGAGTAAGATTGGCTCGTTTGCTTTTAGTTTCCTGCCTGTCATGTTCTGTATCGCCATCCCGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAg < 1:828562/300‑1 (MQ=255) 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aTCCCGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTCCGCGCTTCGTACCa > 2:80291/1‑300 (MQ=255) aTCCCGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTCCATAATATCCGCATGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCa > 2:751403/1‑300 (MQ=255) ccGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCAGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAAtt > 1:207585/1‑300 (MQ=255) 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tcgatACCAGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGGCGGCCTGGTGATTTCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCATGGGTATTAGCGGCTTGGGCCATATGAGAAACAGCGCGGGTGATTTCGGACCGATGCTGTTTGGTACCGGTGAACGTCTGCTGTTGCCGTTTGGTCTGCATCACATTCtgg < 2:596940/300‑1 (MQ=255) gatACCAGTATCCTCGGTGCGGTAAGCGCCGGTAGTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGTTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCATGGGTATTAGCGGCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGTTGATTTCGGACCGATGCTGTTTGGTACCGGTGAACGTCTGCTGTTGCCGTTTGGTCTGCATCACATTCtggt < 2:341549/299‑1 (MQ=255) atACCAGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCATGGGTATTAGTGGCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGACCGATGCTGTTTGGTACCGGTGAACGTCTGCTGTTGCCGTTTGGTCTGCATCACATTCtggt > 2:516117/1‑298 (MQ=255) atACCAGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCATGGGTATTAGCGGCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGACCGATGCTGTTTGGTACCGGTGAACGTCTGCTGTTGCCGTTTGGTCTGCATCACATTCtggt > 1:111953/1‑298 (MQ=255) atACCAGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCATGGGTATTAGCGGCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGACCGATGCTGTTTGGTACCGGTGAACGTCTGCTGTTGCAGTTTGGTCTGCATCACATTCtggt > 1:331760/1‑298 (MQ=255) tACCAGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTACATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTACTAGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCATGGGTATTAGCGGCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGAGTGATTTCGGACCGATGCTGTTTGGTACCGGTGAACGTCTGCTGTTGCCGTTTGGTCTGCATCACATTCTGGTGGc > 1:234188/1‑300 (MQ=255) | TAACCCTGATCCCGGTCCTGGGCAACCCCGTGTTGCAGGCTATCTTTACCTGGATGAGTAAGATTGGCTCGTTTGCTTTTAGTTTCCTGCCTGTCATGTTCTGTATCGCCATCCCGCTGGGCCTGGCACGCGAAAATAAAGGCGTAGCGGCATTCGCTGGCTTCATCGGTTATGCGGTAATGAACCTCGCGGTAAACTTCTGGTTGACCAATAAAGGCATTCTGCCAACCACGGATGCCGCGGTTCTGAAAGCCAATAACATCCAGAGCATTCTTGGGATCCAGTCGATCGATACCGGGATCCTCGGTGCGGTGATCGCCGGTATTATCGTCTGGATGCTGCATGAGCGTTTCCATAATATCCGCCTGCCGGATGCGCTGGCATTCTTCGGCGGTACGCGCTTCGTACCAATTATCTCCTCGCTGGTGATGGGCCTTGTCGGCCTGGTGATTCCATTAGTCTGGCCGATTTTCGCCATGGGTATTAGCGGCTTGGGCCATATGATAAACAGCGCGGGTGATTTCGGACCGATGCTGTTTGGTACCGGTGAACGTCTGCTGTTGCCGTTTGGTCTGCATCACATTCTGGTGGC > NC_000913/1699497‑1700088 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |