| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 554,419 | T→G | N7H (AAT→CAT) | ppiB ← | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 554,419 | 0 | T | G | 99.3% | 532.0 / NA | 138 | N7H (AAT→CAT) | ppiB | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (50/87); minor base A (1/0); total (51/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TTATCAACCACGTTGATGAAGAACTGTGCAGTTGCAGAGTGCGGAGCCTGAGTACGTGCCATTGCCAGCGTACCACGGGTATTTTTCAGGCCGTTGTTGGCTTCGTTTTTGATCGGTTCTTTGGTGGCTTTTTGTTTCATGCCCGGTTCAAAACCGCCGCCCTGAATCATAAAGCCGTTGATAACACGGTGGAAAATGGTGTTGTTGTAAAAACCTTCGCGGCAGTAGTCCAGGAAGTTTTTAACTGTTTCAGGTGCTTTATCGTCAAAAGTTTTGATGACAATATCGCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCATATATAGGGTGGTG‑TTATAGCATAACCGCACGATCGGATCA‑TCACGCAATGTATGCTGATTCGCGCGGGAAATATGGGTATTATACGCAACTCAATTACCCACACATGTCTAAACGGAATCTTCGATGC‑TAAAAATCTTCAATACTCTGACACGCCAAAAAGAGGAATTTAAGCCTATTCACGCCGGGGAAGTCGGCATGTACGTGTGTGGAATCAC > NC_000913/554124‑554702 | ttATCAACCACGTTGATGAAGAACTGTGCAGTTGCAGAGTGCGGAGCCTGAGTACGTGCCATTGCCAGCGTACCACGGGTATTTTTCAGGCCGTTGTTGGCTTCGTTTTTGATCGGTTCTTTGGTGGCTTTTTGTTTCATGCCCGGTTCAAAACCGCCGCCCTGAATCATAAAGCCGTTGATAACACGGTGGAAAATGGTGTTGTTGTAAAAACCTTCGCGGCAGTAGTCCAGGAAGTTTTTAACTGTTTCAGGTGCTTTATCGTCAAAAGTTTTGATGACAATATCGCCGTGATGGgt > 1:788058/1‑299 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TTATCAACCACGTTGATGAAGAACTGTGCAGTTGCAGAGTGCGGAGCCTGAGTACGTGCCATTGCCAGCGTACCACGGGTATTTTTCAGGCCGTTGTTGGCTTCGTTTTTGATCGGTTCTTTGGTGGCTTTTTGTTTCATGCCCGGTTCAAAACCGCCGCCCTGAATCATAAAGCCGTTGATAACACGGTGGAAAATGGTGTTGTTGTAAAAACCTTCGCGGCAGTAGTCCAGGAAGTTTTTAACTGTTTCAGGTGCTTTATCGTCAAAAGTTTTGATGACAATATCGCCGTGATTGGTGTGGAAAGTAACCATTTTTGCATCCTGTTCCGTTTGATTGGTGCTTCAACCCAGTTCGGGTCATATATAGGGTGGTG‑TTATAGCATAACCGCACGATCGGATCA‑TCACGCAATGTATGCTGATTCGCGCGGGAAATATGGGTATTATACGCAACTCAATTACCCACACATGTCTAAACGGAATCTTCGATGC‑TAAAAATCTTCAATACTCTGACACGCCAAAAAGAGGAATTTAAGCCTATTCACGCCGGGGAAGTCGGCATGTACGTGTGTGGAATCAC > NC_000913/554124‑554702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |