| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3651580 | 142 (1.310) | 8 (0.070) | 7/590 | 7.6 | 5.3% | pseudogene (290/746 nt) | yhiS | putative uncharacterized protein YhiS |
| ? | NC_000913 | 3652036 = | NA (NA) | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
ATTTTATGTCAATTGACTTTACCCCAGGTATAATAAATACATATCACGGCGATATTTATAACTGCACAACAAATACCGATAATGCTAAAACGCCAGACACACCGAAGTGGCCTTGCGATAATTGGGAAGAACAACAACCCATTAATTCCACATTCTCTGGAGAAGGATATATCTCTGATCAATATGATTTAGCGCAACACCAACTTCAACAAATTAATGCGTGCCACACGAACACTACATATACAAATGCAGACTACTCAAAAGTTGTGGCTCAACTTGTAAGTCTTATTACTAACATTGAAACGATAAGTTCGACACAACTTACGCAACAGACACAATCAATACTTAATCAGATTAATAACATTAGATATGAAAAAAACAAAAGTGCTGAATGTCGAATCATTGTTATCGCTAATCCTAAACCCGACAAGGCAATCATAACTAAAATTAGCGTAGAAGAGGGAATACCCATAACATTCAGTGTCCAAACCATGTTTTCAGATACTAATTTTATTGCTGAACAACGAGCTGACTTACCAACTAATATAAAAGATATTCAAAGCCTGTATCAAAAAATGACGAAGTTATATATT > NC_000913/3651286‑3651878 | aTTTTATGTCAATTGACTTTACCCCAGGTATAATAAATACATATCACGGCGATATTTATAACTGCACAACAAATACCGATAATGCTAAAACGCCAGACACACCGAAGTGGCCTTGCGATAATTGGGAAGAACAACAACCCATTAATTCCACATTCTCTGGAGAAGGATATATCTCTGATCAATATGATTTAGCGCAACACCAACTTCAACAAATTAATGCGTGCCACACGAACACTACATATACAAATGCAGACTACTCAAAAGTTGTGGCTCAACTTGTAAGTCTTATTACTAACATTg < 1:157875/300‑1 (MQ=255) 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atatTTATAACTGCACAACAAATACCGATAATGCTAAAACGCCAGACACACCGAAGTGGCCTTGCGATAATTGGGAAGAACAACAACCCATTAATTCCACATTCTCTGGAGAAGGATATATCTCTGATCAATATGATTTAGCGCAACACCAACTTCAACAAATTAATGCGTGCCACACGAACACTACATATACAAATGCAGACTACTCAAAAGTTGTGGCTCAACTTGTAAGTCTTATTACTAACATTGAAACGATAAGTTCGACACAACTTACGCAACAGACACAATCAATACTTAATc < 1:50327/300‑1 (MQ=255) atatTTATAACTGCACAACAAATACCGATAATGCTAAAACGCCAGACACACCGAAGTGGCCTTGCGATAATTGGGAAGAACAACAACCCATTAATTCCACATTCTCTGGAGAAGGATATATCTATGATCAATATGATTTAGCGCAACACCAACTTCAACAAATTAATGCGTGCCACACGAACACTACATATACAAATGCAGACTACTCAAAAGTTGTGGCTCAACTTGTAAGTCTTATTACTAACATTGAAACGATAAGTTCGACACAACTTACGCAACAGACACAATCAATACTTAATc > 1:227015/1‑300 (MQ=255) atTTATAACTGCACAACAAATACCGATAATGCTAAAACGCCAGACACACCGAAGTGGCCTTGCGATAATTGGGAAGAACAACAACCCATTAATTCCACATTCTCTGGAGAAGGATATATCTCTGATCAATATGATTTAGCGCAACACCAACTTCAACAAATTAATGCGTGCCACACGAACACTACATATACAAATGCAGACTACTCAAAAGTTGTGGCTCAACTTGTAAGTATTATTACTAACATTGAAACGATAAGTTAGAAACAACTTACGCAACCGACACAATCAATACTTAATCa > 2:407313/1‑299 (MQ=255) 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aCATTGAAACGATAAGTTCGACACAACTTACGCAACAGACACAATCAATACTTAATCAGATTAATAACATTAGATATGAAAAAAACAAAAGTGCTGAATGTCGAATCATTGTTATCGCTAATCCTAAACCCGACAAGGCAATCATAACTAAAATTAGCGTAGAAGAGGGAATACCCATAACATTCAGTGTCCAAAc < 2:488156/196‑1 (MQ=255) aCATTGAAACGATAAGTTCGACACAACTTACGCAACAGACACAATCAATACTTAATCAGATTAATAACATTAGATATGAAAAAAACAAAAGTGCTGAATGTCGAATCATTGTTATCGCTAATCCTAAACCCGACAAGGCAATCATAACTAAAATTAGCGTAGAAGAGGGAATACCCATAACATTCAGTGTCCAAACCATGTTTTCAGGTACTAATTTTATTGCTGAACAACGAGCTGACTTACCAACTAATATAAAAGATATTCAAAGCATGTATCAAAAAATGACGAAGGTATATAtt > 2:375755/1‑299 (MQ=255) aCATTGAAACGATAAGTTCGACACAACTTACGCAACAGACACAATCAATACTTAATCAGATTAATAACATTAGATATGAAAAAAACAAAAGTGCTGAATGTCGAATCATTGTTATCGCTAATCCTAAACCCGACAAGGCAATCATAACTAAAATTAGCGTAGAAGAGGGAATACCCATAACATTCAGTGTCCAAACCATGTTTTCAGATACTAATTTTATTNCTGAACAACGAGCTGACTTACCAACTAATATAAAAGATATTCAAAGCCTGTATCAAAAAATGACGAAGTTATATAtt > 1:611938/1‑299 (MQ=255) | ATTTTATGTCAATTGACTTTACCCCAGGTATAATAAATACATATCACGGCGATATTTATAACTGCACAACAAATACCGATAATGCTAAAACGCCAGACACACCGAAGTGGCCTTGCGATAATTGGGAAGAACAACAACCCATTAATTCCACATTCTCTGGAGAAGGATATATCTCTGATCAATATGATTTAGCGCAACACCAACTTCAACAAATTAATGCGTGCCACACGAACACTACATATACAAATGCAGACTACTCAAAAGTTGTGGCTCAACTTGTAAGTCTTATTACTAACATTGAAACGATAAGTTCGACACAACTTACGCAACAGACACAATCAATACTTAATCAGATTAATAACATTAGATATGAAAAAAACAAAAGTGCTGAATGTCGAATCATTGTTATCGCTAATCCTAAACCCGACAAGGCAATCATAACTAAAATTAGCGTAGAAGAGGGAATACCCATAACATTCAGTGTCCAAACCATGTTTTCAGATACTAATTTTATTGCTGAACAACGAGCTGACTTACCAACTAATATAAAAGATATTCAAAGCCTGTATCAAAAAATGACGAAGTTATATATT > NC_000913/3651286‑3651878 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |