| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 686,770 | C→T | noncoding (74/163 nt) | sroC ← | small regulatory RNA SroC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 686,770 | 0 | C | T | 99.0% | 336.0 / NA | 100 | noncoding (74/163 nt) | sroC | small regulatory RNA SroC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (51/48); total (52/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACCCAGACCAGAGAGAAAACGGTTTGGAACGGTACGTAAAATGCCGAAAAATGAACCGACGAGGAAAGCGATAATCCAGGCGCAGATCGACAAAGCGATCGTCACCTGAAAACCACTCCAGATCCAACCAAGATAGGTGGTGTTGCCGAACGGGGCTTGTTGTAAAAAAATACCCCAGTTCCAGTCTATAGACATAAATCTACTCCAGAAAAAAGAGGGTAGCAGCGTTAACTGCTACCCTCGAAGATTGTTACCCAGCGTATTGCGGTTTTCAGGCCCGATGGGGAACGACCATCAGGCGTATAGTCTGTCCGTGCTACGTAACAATCGAGAGGGCTGGAATTTCCGCCCCTGGTTCTTGTAATTAGTTCAGTGCCTTGTCATTCGGTTCTTTGAACAGTGCTTTCATTTCGTCTGACAGTTCGAAATTCATGTTCAGGTTTTTCGGCGGAATTGGATTTTTGAACCACTTATCAAACCATTTTTCCGCTTCACCGGAGGTCTGCACCTGAGCGATGGTGTCATCCATCAGCTTTTTGAACTGCGGATCATCTTTACGCAACATACAACCGTAGGCCTCCTGAGACTGC > NC_000913/686474‑687064 | tACCCAGACCAGAGAGAAAACGGTTTGGAACGGTACGTAAAATGCCTAAAAATGAACCGACGAGGAAAGCGATAATCCAGGCGCAGATCGACAAAGCGATCGTCACCTGAAAACCACTCCAGATCCAACCAAGATAGGTGGTGTTGCCGAACGGGGCTTGTTGTAAAAAAATACCCCAGTTCCAGTCTATAGACATAAATCTACTCCAGAAAAAAGAGGGTAGCAGCGTTAACTGCTACCCTCGAAAATTGTTACCCAGCGTATTGCGGTTTTCAGGCCCGATGGGGAACGACCATTAgg < 2:343326/300‑1 (MQ=255) 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gACCATTAGGCGTATAGTCTGTCCGTGCTACGTAACAATCGAGAGGGCTGGAATTTCCGCCCCTGGTTCTTGTAATTAGTTCAGTGCCTTGTCATTCGGTTCTTTTAACAGTGCTTTCATTTCGTCTGACAGTTCGAAATTCATGTTCAGGTTTTTCGGCGGAATTGGATTTTTGAACCACTTATCAAACCATTTTTCCGCTTCACCGGAGGTCTGCACCTGAGCGATGGTGTCATCCATCAGCTTTTTGAACTGCGGATCATCTTTACGCAACATACAACCGTAGGCCTCCTGAGACt < 2:722440/299‑1 (MQ=255) gACCATTAGGCGTATAGTCTGTCCGTGCTACGTAACAATCGAGAGGGCTGGAATTTCCGCCCCTGGTTCTTGTAATTAGTTCAGTGCCTTGTCATTCGGTTCTTTGAACAGTGCTTTCATTTCGTCTGACAGTTCGAAATTCATGTTCAGGTTTTTCGGCGGAATTGGATTTTTGAACCACTTATCAAACCATTTTTCCGCTTCACCGGAGGTCTGCACCTGAGCGATGGTGTCATCCATCAGCTTTTTGAACTGCGGATCATCTTTACGCAACATACAACCGTAGGCCTCCTGAGACt < 2:722427/299‑1 (MQ=255) ccATTAGGCGTATAGTCTGTCCGTGCTACGTAACAATCGAGAGGGCTGGAATTTCCGCCCCTGGTTCTTGTAATTAGTTCAGTGCCTTGTCATTCGGTTCTTTGAACAGTGCTTTCATTTCGTCTGACAGTTCGAAATTCATGTTCAGGTTTTTCGGCGGAATTGGATTTTTGAACCACTTATCAAACCATTTTTCCGCTTCACCGGAGGTCTGCACCTGAGCGATGGTGTCATCCATCAGCTTTTTGAACTGCGGATCATCTTTACGCAACATACAACCGTAGGCCTCCTGAGACTGc > 1:503867/1‑299 (MQ=255) | TACCCAGACCAGAGAGAAAACGGTTTGGAACGGTACGTAAAATGCCGAAAAATGAACCGACGAGGAAAGCGATAATCCAGGCGCAGATCGACAAAGCGATCGTCACCTGAAAACCACTCCAGATCCAACCAAGATAGGTGGTGTTGCCGAACGGGGCTTGTTGTAAAAAAATACCCCAGTTCCAGTCTATAGACATAAATCTACTCCAGAAAAAAGAGGGTAGCAGCGTTAACTGCTACCCTCGAAGATTGTTACCCAGCGTATTGCGGTTTTCAGGCCCGATGGGGAACGACCATCAGGCGTATAGTCTGTCCGTGCTACGTAACAATCGAGAGGGCTGGAATTTCCGCCCCTGGTTCTTGTAATTAGTTCAGTGCCTTGTCATTCGGTTCTTTGAACAGTGCTTTCATTTCGTCTGACAGTTCGAAATTCATGTTCAGGTTTTTCGGCGGAATTGGATTTTTGAACCACTTATCAAACCATTTTTCCGCTTCACCGGAGGTCTGCACCTGAGCGATGGTGTCATCCATCAGCTTTTTGAACTGCGGATCATCTTTACGCAACATACAACCGTAGGCCTCCTGAGACTGC > NC_000913/686474‑687064 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |